Im EpiDiverse Projekt wird unter anderem die Epigenetik der Wald-Erdbeere untersucht.
Dabei werden natürlich in großen Mengen DNA-Daten ausgewertet. Diesmal aber eben nicht die reinen Sequenzen, sondern die epigenetischen Informationen. Wie aber gewinnt man diese Daten? DNA-Sequenzierung liefert die Abfolge der Nukleotide, nicht aber die epigenetische Information darüber hinaus. Eine mögliche Methode, um DNA-Methylierungen zu entdecken, ist die Bisulfit-Sequenzierung. DNA-Methylierungen finden hauptsächlichen an Cytosinen statt. Behandelt man DNA mit Bisulfit, werden alle Cytosine in Uracil umgewandelt — außer diejenigen, die methyliert sind. Somit lassen sich methylierte Cytosine durch normale DNA-Sequenzierung erkennen. In einem der Projekte des EpiDiverse Netzwerks geht es speziell darum, solche Bisulfit-Sequenzierungsdaten zu untersuchen und neue Algorithmen für deren Analyse zu entwickeln.
Ziel des Forschungsverbundes ist natürlich nicht nur die Entwicklung von Methoden zur Auswertung von Daten, sondern in erster Linie, die Beantwortung biologischer Fragestellungen. Interessant wäre es zum Beispiel, natürliche Muster der epigenetischen Unterschiede in Bezug auf die lokale Umgebung, das Klima und den geografischen Standort aufzudecken. Und natürlich, die zu Grunde liegenden molekularen Mechanismen der epigenetischen Reaktionen auf Klimastress zu verstehen. Letztlich hilft uns dieses Wissen hoffentlich auch auf dem Weg zu einer nachhaltigeren Landwirtschaft.
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