Massenspektrometrie wird zur Analyse von Proteinen verwendet. Es ist eine der Schlüsseltechnologien moderner molekularbiologischer Forschung. Während die Massenspektrometer immer genauer, schneller und sensitiver werden, hat sich in den letzten 10 Jahren das Feld der quantitativen Proteomics entwickelt. Zum ersten Mal können im großen Stil Proteinmengen in biologischen Proben miteinander verglichen werden.