The MolBio Carnival #9

Kategorie: Medizin·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 2

Welcome to edition #9 of the MolBio Carnival! If you the third edition of the carnival which I also hosted, you probably wonder why a part of this post is in German. The answer is easy, the German science blogosphere is big and keeps growing, and I want to feature molecular biology-related blog posts here as well! If you speak German, feel free to look around!

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Autor: Alexander· 04.04.11 · 23:40 Uhr· 2 Kommentare

Krebszellen sind verkappte Individualisten? Eher nicht.

Kategorie: Medizin·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 12

Drüben im Fischblog hat Lars Fischer über ein aktuelles Paper der beiden Astrophysiker Paul Davies und Charles Lineweaver geschrieben. Die spekulieren in der Zeitschrift Physical Biology, dass Krebs eine Rückbesinnung unserer Zellen in eine Zeit ist, als sie sich noch ganz egoistisch als Einzeller behaupten mussten. Lest euch vielleicht erst mal den Artikel von Lars durch, bevor ihr hierher zurückkommt. Fertig? Gut, dann könnt ihr jetzt hier nachlesen, warum die Idee ziemlicher Quark ist.

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Autor: Alexander· 28.02.11 · 22:46 Uhr· 12 Kommentare

Da bin ich wieder!

Kategorie: Naturwissenschaften·ScienceBlogs Kategorien  ·  Kommentare: 8

*puuuust*! Uff, hier hat sich ne richtig dicke Staubschicht über die Posts gelegt, erstmal ein wenig saubermachen. Tja, die letzten Monate waren doch etwas hektisch - mein erstes Review geschrieben, meinen ersten Antrag mitgeschrieben und zuletzt meine Doktorarbeit geschrieben (auch die erste ;)) und erfolgreich verteidigt. Und ich bin ehrlich, nachdem ich den ganzen Tag für die Arbeit vor dem Rechner gehockt bin, hab ich keine große Lust, das in meiner Freizeit auch zu tun. Deshalb wird es Zeit, dass ich wieder ein wenig mehr in Labor komme - dann werd ich auch wieder mehr bloggen!

Zum Aufwärmen hab ich nettes kleines Video für euch. Die Molekularbiologen wirds freuen, denn ganz nebenbei kann man darin eine neue Methode lernen, wenn es mal beim Klonieren einfach nicht klappen will.

Das Video stammt übrigens von einer Studentengruppe aus Cambridge, die an der 2010er Runde von iGEM teilgenommen hat. Für ihr Projekt wurden sie eine der Finalistengruppen (von 128 Teams insgesamt)!

Autor: Alexander· 16.02.11 · 18:03 Uhr· 8 Kommentare

The MolBio Carnival, third edition

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 11

Welcome to the third edition of the MolBio Carnival! This time around, we have an additional section you can find at the end of the post - blog posts on molecular biology in German! The German science blogosphere is actually doing quite well, and if you speak the language, fell free to look around here at the German Scienceblogs, or over at Scilogs.de for a start.

We've got some great posts lined up, so let's jump right into some molbio action!

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Autor: Alexander· 04.10.10 · 22:15 Uhr· 11 Kommentare

Der Molbio Blogkarneval

Kategorie: Medizin·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 3

Molekularbiologie ist ein unheimlich spannendes Thema, das weltweit von sehr vielen Wissenschaftlern erforscht wird. Leider entspricht die Berichterstattung darüber nicht dem großen Anteil, den diese moderne Forschungsrichtung in den heutigen Lebenswissenschaften einnimmt. Warum das so ist, stellt bestimmt auch eine interessante Frage dar. Wir haben uns allerdings gedacht, dass wir einfach versuchen wollen, ein wenig mehr Aufmerksamkeit auf die Molekularbiologie zu lenken. Darum haben wir einen Blogkarneval gestartet, in dem einmal monatlich die spannendsten molekularbiologischen Blogbeiträge gesammelt werden sollen. Ähnlich wie es drüben bei Astrodicticum Simplex mit dem Blog-Teleskop läuft, wird der Molbio Karneval jeden Monat von einem anderen teilnehmenden Blogger ausgerichtet.

Mit dabei sind zur Zeit Alejandro Montenegro-Montero, LabRat, Psi Wavefunction, Lucas Brouwers und ich. Die ersten beiden Ausgaben sind schon raus, und am 4. Oktober werde ich die dritte hier hosten.

Wer seine molekularbiologischen Blogposts im Molbio Karneval veröffentlicht haben möchte, kann sich entweder direkt an den Verantwortlichen für den jeweiligen Monat wenden, oder (einfacher) hier einreichen, alles weitere geht dann automatisch. Deutsche Blogposts werden auch gern genommen, dafür bin ich ja da! ;)

Autor: Alexander· 19.09.10 · 19:04 Uhr· 3 Kommentare

Science Online London 2010

Kategorie: Geistes- & Sozialwissenschaften·Kultur·Naturwissenschaften·Politik·Technik

Während in Barcelona über das Wochenende die EMBO ihr Meeting abhält, bin ich in London in der British Library für Science Online London 2010.

Wissenschaft und Wissenschaftsjournalismus im Internet, sei es auf Blogs, Twitter oder sonst irgendwie, Welchen Einfluss hat das Internet auf die Wissenschaft? Die Kommunikation steht hier klar im Vordergrund, aber auch das Teilen von wissenschaftlichen Daten über das Internet und deren gemeinsame Auswertung und Überprüfung.
Neben klassischen Vorträgen wird ein Teil des Meetings auch als Unconference organisiert sein. Dazu noch jede Menge unterhaltsames drumherum wie Führungen bei der Royal Society, ein Besuch bei der Diamond Light Source, und ein netter Abend auf der Dachterasse bei Mendeley.

Ich weiß noch nicht, ob und wieviel ich während des Meetings hier bloggen kann. Science Online London ist aber natürlich auch auf Twitter vertreten, als @soloconf. Da viele der Gäste auf Twitter unterwegs sind, kann man dem Meeting sicher sehr gut auch vom Rest der Welt aus folgen, indem man den Hashtag #solo10 im Auge behält.
Und für diejenigen mit viel Zeit vor dem Rechner wird es einen Livestream der Konferenz drüben bei Science 3.0 geben!

Autor: Alexander· 02.09.10 · 15:57 Uhr· 0 Kommentare

Zitierst du mich, zitier ich dich?

Kategorie: Geistes- & Sozialwissenschaften·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 9

Nature News brachte vor kurzem einen Artikel über den vermeintlichen Zusammenhang zwischen dem Umfang der Literaturangaben am Ende eines Papers und der Häufigkeit, mit der dieses Paper dann zitiert wird. Da ich gerade selbst am Paper schreiben bin, habe ich mich natürlich dafür interessiert!

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Autor: Alexander· 30.08.10 · 10:07 Uhr· 9 Kommentare

Web of Stories

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften

Ich bin wieder da! Ein wenig zumindest, ich will und muss es erst mal ruhiger angehen lassen. Ich weiß, ich hab schon ne ganze Zeitlang nichts mehr geschrieben, aber die Arbeit geht immer vor. Weil sich die jetzt aber wieder ein wenig normalisiert, kanns hier auch wieder losgehen!

Deshalb heute erst mal ein wenig seichte Kost. Kennt ihr schon Web of Stories? Nicht? Na dann schnell hin! Der Sinn dahinter ist schnell erzählt: Man nehme einen Menschen, setze ihn vor eine Kamera, und lasse ihn eine kurze Geschichte erzählen, was ihm so gerade einfällt. Und wie das so ist mit Geschichten, führt eine zur anderen, und mit der Zeit soll dann eben auch ein Netz von Geschichten entstehen. Zur Zeit ist Web of Stories noch in der Betaphase, mit nur zwei Kanälen. Trotzdem sind schon viele interessante Menschen drin, überraschenderweise überwiegend Wissenschaftler. Sydney Brenner ist beispielsweise jemand, dem ich den ganzen Tag zuhören könnte, nicht nur wenn er wissenschaftlich vorträgt, sondern auch wenn er einfach aus seinem Leben erzählt. Es zeigt auch, dass ein Nobelpreisträger sich problemlos auch mit so komischen Sachen wie alten Science Fiction Heften beschäftigen kann, oder man lernt, wieso man für im Labor gemixte Cocktails immer 95%igen, nie 100%igen Alkohol benutzen sollte...

Schaut einfach mal rein!

Autor: Alexander· 22.08.10 · 18:20 Uhr· 0 Kommentare

Jürgen Markl: Biologie

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften·Themenwoche  ·  Kommentare: 7

Das neue Lehrbuch "Biologie" für die Oberstufe von Jürgen Markl hat einen kleinen bunten Frosch auf der Vorderseite. Ich kenne noch andere allgemeine Lehrbücher der Biologie (die auch diesen Titel haben), und alle haben sie einen Frosch vorne drauf: den "Campbell" (als er in Deutschland noch bei Spektrum erschien), und sein Nachfolger bei Spektrum, den "Purves". Es ist wohl noch nicht mal ein Zufall, dass verschiedene Bücher ähnliche Motive auf ihrem Cover haben - Jürgen Markl ist (beziehungsweise war) Herausgeber der deutschen Versionen beider Bücher. Doch ist der neue Markl innen drin, wo es drauf ankommt, ähnlich gut wie ich es selbst noch vom alten Campbell gewohnt bin?

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Autor: Alexander· 13.06.10 · 18:51 Uhr· 7 Kommentare

2x aus dem Fenster schauen

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften·Umwelt  ·  Kommentare: 4

Abstruse Goose: World View (CC by-nc 3.0)

I have a friend who's an artist and he's some times taken a view which I don't agree with very well. He'll hold up a flower and say, "look how beautiful it is," and I'll agree, I think. And he says, "you see, I as an artist can see how beautiful this is, but you as a scientist, oh, take this all apart and it becomes a dull thing." And I think he's kind of nutty.

First of all, the beauty that he sees is available to other people and to me, too, I believe, although I might not be quite as refined aesthetically as he is. But I can appreciate the beauty of a flower.

At the same time, I see much more about the flower that he sees. I could imagine the cells in there, the complicated actions inside which also have a beauty. I mean, it's not just beauty at this dimension of one centimeter: there is also beauty at a smaller dimension, the inner structure...also the processes.

The fact that the colors in the flower are evolved in order to attract insects to pollinate it is interesting - it means that insects can see the color.

It adds a question - does this aesthetic sense also exist in the lower forms that are...why is it aesthetic, all kinds of interesting questions which a science knowledge only adds to the excitement and mystery and the awe of a flower.

It only adds. I don't understand how it subtracts.

Autor: Alexander· 11.06.10 · 19:54 Uhr· 4 Kommentare

Ich bin natürlich versessen!

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 3

Wie funktioniert Wissenschaft? Wie sieht der Alltag eines Molekularbiologen eigentlich aus? Ich habs ja schon mehr als einmal gesagt, aber Marcus Anhäusers Berichte im Labortagebuch über seine Zeit beim Max-Planck-Institut für molekulare Zellbiologie und Genetik fand ich richtig klasse. Die Wissenschaft kam nicht zu kurz, aber gleichzeitig hat er es auch geschafft, den Laboralltag und die Leute die die Wissenschaft machen, realistisch und deshalb auch spannend zu beschreiben.

So etwas ähnliches gibt es jetzt auch zum Anschauen! Richard Rifkind, ein Emeritus vom Sloan-Kettering Institute for Cancer Research, hat zusammen mit der Autorin Carole Rifkind drei Jahre lang die Hochs und Tiefs einer kleinen Gruppe von Molekularbiologen am Colubia University Medical Center in New York verfolgt. Der Gruppenleiter Lawrence Shapiro ist besonders interessiert an der Strukturaufklärung von regulatorischen Proteinen des Energiehaushalts. Der Film "Naturally Obsessed" konzentriert sich vor allem auf die Forschungsprojekte seiner drei Doktoranden, und auch deren Leben. Er zeigt, wie der Alltag in der Molekularbiologie aussieht: immer wieder die gleichen Versuche, die öfter fehlschlagen als funktionieren. Trotzdem immer wieder die Hoffnung, dass beim nächsten Mal der ganz große Knaller rauskommt. Die Euphorie, und die viel zu häufige Verzweiflung, wenn es dann doch nicht klappt. Die alten, kleinen Laborräume, in denen jeder freie Platz mit irgendeinem Gerät vollgestopft ist. Aber auch das Leben außerhalb des Labors, das viel zu oft zu kurz kommt: Sondereinsätze am Sonntag zur Kristallstrukturanalyse von Proteinen, zerbrochene Beziehungen und das Baby, das bis nach der Doktorprüfung warten muss.

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Autor: Alexander· 30.05.10 · 22:19 Uhr· 3 Kommentare

Das Venter-Rezept für Bakterien mit synthetisiertem Genom

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 22

Ich habe nicht vor, hier Venter-Bashing zu betreiben. Genausowenig will ich rumphilosophieren, ob Craig Venter und sein Team Gott spielen. Beides kriegt man zur Genüge woanders, wenn einem danach ist. Ich werde auch nicht lange überlegen, ob hier künstliches Leben geschaffen wurde - meine Antwort dazu ist ein deutliches Nein.

Trotzdem stellt das, was Daniel Gibson und Kollegen vom J. Craig Venter Institute (JCVI) in ihrem neusten Paper in Science geschrieben haben, gleich mehrere bemerkenswerte methodische Fortschritte dar, die nicht nur dem Ziel Venters, künstliches Leben zu schaffen, weiterhelfen werden. Um genau diese neuen aufregenden Methoden soll es hier also gehen.

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Autor: Alexander· 22.05.10 · 17:59 Uhr· 22 Kommentare

Mitochondrial Aging, progress on triple-negative breast cancer and the probability of a common ancestor are my MolBio Picks of the Week

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 1

It's been a while since the last edition, but this week, the MolBio Picks of the Week (usually at home over at MolBio Research Highlights) are hosted here! If you are interested in one or more of the blog posts or research papers summed up here, please check out the full posts at the respective blogs.

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Autor: Alexander· 17.05.10 · 20:53 Uhr· 1 Kommentar

Hello Schröddy

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 9

Nicht wirklich meine Farbe, und auch nicht mein Schnitt. Schade. Wer bei ThinkGeek ist auf die Idee gekommen, dieses Hello Schröddy Shirt wollen nur Frauen anziehen? Naja, wenn schon ich das nicht kaufen kann, dann vielleicht wenigstens ein paar meiner Leserinnen!

Ich hab ja noch überlegt, ob ich den Witz erklären muss, dachte aber dass die Leser hier schon mal was von Schrödingers Katze gehört haben sollten. Und dann fällt mir ein: Können alle die Verbindung zum Schleifchen ziehen? ;-)

via den Couchpotatoes Podcast.

Autor: Alexander· 02.04.10 · 18:55 Uhr· 9 Kommentare

Die Leiden des jungen (reisenden) Wissenschaftlers

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 4

Zuerst einmal: Falls wer schon gehofft hat - nein, ich bin nicht von einem Berglöwen erwischt worden! Ich bin nur wieder im Ausland unterwegs, und in den wenigen Tagen zwischen Kalifornien und meinem aktuellen Trip war so viel zu tun, dass einfach keine Zeit fürs Bloggen war. Die aktuelle Reise hat mich nach England geführt, genauer zum Wellcome Trust Genome Campus in Hinxton südlich von Cambridge. Dort befindet sich das European Bioinformatics Institute (das, um ganz genau zu sein eigentlich nur eine sog. Outstation des European Molecular Biology Laboratory ist, das sich ganz in der Nähe meines Arbeitsplatzes in Heidelberg befindet), und dort nehme ich am Workshop "Plant Bioinformatics" teil. Hier geht es allerdings nicht wirklich um Programmieren, Perl und R (das überlasse ich dann lieber Emanuel), sondern um das Kennenlernen der vielen Datenbanken und Werkzeuge, die am EBI angeboten werden, um sie im Arbeitsalltag effizienter einsetzen zu können.

In diesem Post soll es aber um etwas anderes gehen, nämlich meine Anreise nach England. Wer keine Rants lesen will hört am Besten hier auf.

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Autor: Alexander· 30.03.10 · 23:13 Uhr· 4 Kommentare

Nochmal Konferenz

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 3

Vielleicht fragt sich schon der ein oder andere wo denn die dritte Woche meines R-Kurs Berichts bleibt. Der Aufschub hat einen ähnlichen Grund wie Alex's Zurückhaltung in den letzten Wochen. Ich musste meine Beiträge für die 24. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Parasitologie vorbereiten.

Ich hatte mich mit meinen Abstracts sehr weit aus dem Fenster gelehnt und musste innerhalb der letzten beiden Wochen speziell für meinen "Hauptvortrag" sehr viel arbeiten.
Morgen geht es los, meine Vorträge (es sind zwei) sind zwar nicht perfekt, aber ich stelle hiermit die Arbeit ein.

Wer sich dafür interessiert, kann sich den Vortrag zu meinem Hauptprojekt ansehen. Er wurde in einer Methoden-Session platziert, was sicher Sinn macht. Leider fehlt mir etwas die Zeit um bei dem Anova-slide das wirkliche Modell in die Grafik zu plotten.

Der zweite Vortrag zu meinem bereits publizierten Paper hat mich dazu veranlasst mich nochmals besonders mit den Regressions-Modellen zu beschäftigen. Allerdings bin ich selbst nach drei Wochen Kurs auf keinen grünen Zweig gekommen. Ich musste mich wie schon bei der Publikation damit abfinden, dass aus manchen Daten vielleicht einfach nicht viel mehr rauszuholen ist.

Also bei beiden Vorträgen etwas Mut zum Imperfektionismus...

Autor: Emanuel Heitlinger· 15.03.10 · 17:23 Uhr· 3 Kommentare

Meeting-Mode

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften·Umwelt

Ich habe schon ein paar Tage nichts mehr von mir hören lassen, jedenfalls hier auf Alles was lebt. Wer mir auf Twitter folgt, weiß schon warum: Ich bin zur Zeit in Kalifornien auf dem Meeting "Plant DNA repair and recombination 2010", wo sich so gut wie alle treffen, die international zu diesem Thema arbeiten. Was überraschend wenige sind, das Feld ist recht überschaubar.
Hier, das ist am äußersten Zipfel der Monterey-Halbinsel in den Asilomar Conference Grounds. Dabei handelt es sich um eine weitläufige Anlage mit darin verteilten Häusern für die Übernachtung, und größeren Gebäuden für Essen und Talks. In Richtung Pazifik liegt zwischen meiner Unterkunft und dem Strand noch ein Naturschutzgebiet mit Dünen für entspannte Spaziergänge zwischen den Sessions, wenn man mit den Kollegen diskutieren will.

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Autor: Alexander· 04.03.10 · 17:05 Uhr· 0 Kommentare

Stammzellen mit selbstzerstörerischen Tendenzen?

Kategorie: Medizin·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 2

Jeder von uns, genauso wie alle anderen Organismen auf der Erde, nimmt täglich Schaden an der DNA in den Körperzellen. Dagegen kann man erstmal nichts machen, die Schäden sind auf natürliche innere und äußere Gründe zurückzuführen: Ionisierende Strahlung aus dem All und dem Boden; UV-Strahlung; DNA-schädigende Moleküle, die wir mit der Nahrung zu uns nehmen; sogar unser eigener Stoffwechsel produziert mit reaktiven Sauerstoffspezies Moleküle, die die DNA angreifen können! Dass wir diesen ständigen Ansturm auf unsere DNA überhaupt überleben, liegt vor allem an den zahlreichen sehr guten DNA-Reparaturproteinen in den Zellen. Für jede erdenkliche Art von Schaden gibt es dafür spezialisierte Reparaturwege. Für die meisten Arten von Schäden kann bei der Reparatur eine grundlegende Eigenschaft der DNA genutzt werden: Da sich im Doppelstrang die Sequenz eines Strangs aus der des gegenüberliegenden Strangs ergibt, können die Reparaturproteine problemlos ein Stück des beschädigten DNA-Strangs herausschneiden und die Lücke dann wieder mit der korrekten Sequenzinformation des zweiten Strangs schließen.
Das geht bei der gefährlichsten Art von DNA-Schaden aber nicht. Entstehen zwei Brüche im Rückgrat der DNA nahe beieinander auf beiden Strängen, hat man einen Doppelstrangbruch (DSB). Die Reparaturproteine wissen nun nicht, ob (und was!) sich zwischen den freiliegenden Enden der DNA befunden hat. Die freien Enden sind nämlich unter anderem Proteinen ausgesetzt, die die DNA vom Ende an abbauen, es findet also oft an einem DSB ein Sequenzverlust statt. Und was, wenn mehrere DSBs gleichzeitig vorhanden sind, vielleicht noch auf verschiedenen Chromosomen? Welche Enden gehören zusammen? Trotz all diesen Schwierigkeiten ist die Standardstrategie bei vielen Organismen, die Enden einfach wieder zusammenzuflicken. Das können sie unter anderem deshalb ungestraft machen, weil ein großer Teil ihres Genoms aus genetischem Gerümpel besteht, bei dem eventuelle Mutationen keine große Rolle spielen. Die alternative Strategie setzt auf das Kopieren von gleichen Sequenzen von woanders aus dem Genom. Da wir jedes Chromosom doppelt besitzen (eins vom Vater, eins von der Mutter), kann die sogenannte homologe Rekombination (HR) beispielsweise die Sequenzinformation vom mütterlichen Chromosom nutzen, wenn das väterliche einen DSB hat. Dieser Vorgang ist erstmal sicherer für die Sequenz, allerdings auch ungleich komplexer durchzuführen, als einfach die Enden aneinander zu pappen [1].

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Autor: Alexander· 25.02.10 · 23:25 Uhr· 2 Kommentare

Kontraste in Anova und Ancova

Kategorie: Naturwissenschaften

Heute sind Kontraste im R-Kurs das Thema. Diese braucht man um in einer Anova oder Ancova festzustellen welche factor-levels denn die Unterschiede zeigen.
Ich habe etwas zusätzlicht Arbeit gleistet und eine Funktion geschrieben, die Kontraste auf ihre Unabhängigkeit überprüft. Das war der spassigste Teil dieses Praktikums und ich habe dabei eine neue Lieblings-Funktion namens combn gefunden.
Hier also pdf und Quelltext (Sweave) .

Besonders ist dieses mal, dass es im Text auch zwei Stellen gibt, an denen eine Berechnung nicht erklärt werden kann, Mick Crawley konnte mir hier auch nicht weiter helfen...
Wer eine Antwort darauf hat woher die "MYSTERY-numbers" kommen, sollte das bitte in den Kommentaren erklären.

Autor: Emanuel Heitlinger· 24.02.10 · 22:44 Uhr· 0 Kommentare

Gefahr im URlaub: verschachtelte Statistik (Nested Designs)

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 4

Hier der nächste Teil meines Mitschriebs in Mick Crawleys R-Kurs als pdf und Quelltext.

Als Erklärung zum reißerischen Titel:
Es geht um "Verschachtelte"(Nested) Analysedesigns, die für schlecht in Statistik ausgebildete Wissenschaftler eine große Gefahr darstellen. In den Datensätzen ist Pseudoreplikation enthalten, Abhängigkeit der Errors vermeidlicher Wiederholungen. Da kann man sich vor Reviewern, Konferrenz-Publikum und Studenten schnell lächerlich machen...
Noch schlimmer: Bei schlechten experimentellen Design ist sehr leicht Zeit und Geld zu verschwenden.

Autor: Emanuel Heitlinger· 23.02.10 · 20:19 Uhr· 4 Kommentare