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Link Liste für meinen Vortrag auf dem #33c3

Von / 28. Dezember 2016 / 19 Kommentare
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Ich hatte am 28.12.2016 das große Privileg auf dem 33. Chaos Communication Congress in Hamburg einen Vortrag zu halten: Es sind die kleinen Dinge im Leben.

UPDATE Vortrag ist online:

Ganz ohne tracking, dass ihr euch das Video angeschaut habt: https://media.ccc.de/v/33c3-8237-es_sind_die_kleinen_dinge_im_leben

Oder hier als embedded YouTube:

Die Link-Liste:

Strukturierte Beleuchtung (Structured Illumination Microscopy)

fairSIM: https://fairsim.github.io/
fairSIM: https://github.com/fairsim

Marcel Müller et al., Nat. Comm. 7, 2016 (OA)
https://www.nature.com/articles/ncomms10980

Anwendung von SIM in Leberzellen:

Viola Mönkemöller et al., Scientific Reports 5, 2015 (OA)
https://www.nature.com/articles/srep16279

 

Einzelmolekül Lokalisation (single-molecule localization microscopy)

dSTORM:
Heilemann et al., Angewandte Chemie Int. Ed., 2008 (closed)
https://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/anie.200802376/full
DOI: 10.1002/anie.200802376

rapidSTORM
https://www.super-resolution.biozentrum.uni-wuerzburg.de/research_topics/rapidstorm/

thunderSTORM
https://zitmen.github.io/thunderstorm/

SD-dSTORM (Farben aus Rohdaten)

https://github.com/gtadeus/sdmixer2
https://sourceforge.net/projects/sdmixer/

Tadeus et al., MAF, 2015 (closed)
https://dx.doi.org/10.1088/2050-6120/3/3/037001

Lampe et al., MAF, 2015 (closed)
https://dx.doi.org/10.1088/2050-6120/3/3/034006

µManager

https://www.micro-manager.org

ImageJ
https://imagej.nih.gov/ij/

Fiji (ImageJ with a lot of Plug-Ins)
https://fiji.sc/

A blueprint for cost-efficient localization microscopy:

Thorge Holm et al., ChemPhysChem, 2013 (closed)
https://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/cphc.201300739/full
DOI: 10.1002/cphc.201300739

FastSIM:

Hui-Wen Lu-Walther et al., MAF, 2015 (closed)
https://dx.doi.org/10.1088/2050-6120/3/1/014001

Ronny Förster et al., arxiv.org, 2014 (OA)
https://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1406/1406.1662.pdf

Science Hack and Communication Assembly

https://events.ccc.de/congress/2016/wiki/Assembly:Science_Hack_and_Communication

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Kommentare (19)

  1. #1 rolak
    28. Dezember 2016

    Der im Fahrplan angekündigte Titel “Es sind die kleinen Dinge im Leben” ließ beim ‘Was will ich alles in Ruhe sehen’-Sammeln nurmehr wenig Zweifel offen, die dann von einem schnellen Blick in die Kurzbeschreibung ebenso schnell beseitigt wurden.

    ein Video

    Na das werden wohl mehrere, wird es doch den Querverweis typischerweise statt ausschließlich mit ‘h264-hd’ auch mit ‘h264-sd’, ‘webm-hd’, ‘webm-hd’ und vielleicht sogar ‘mp3’ geben werden, wenn der Arbeitsanfall für die Archivierer etwas nachgelassen hat.

    Doch zuerst wird day1 gesichtet… Viel Spaß noch in Hamburg und einen guten Rutsch!

  2. #2 Christian Berger
    28. Dezember 2016

    Der Vortrag ist selbstverständilich längst online:

    https://media.ccc.de/v/33c3-8237-es_sind_die_kleinen_dinge_im_leben

  3. #3 ahorn
    33c3
    28. Dezember 2016

    Hi,
    erstmal Danke für den interessanten und unterhaltsamen Vortrag!
    Du erwähntest und zeigtest am Ende ein ominöses “12€-billig-Mikroskop”, was schon ein, meines Erachtens, sehr gutes Bild lieferte. Hast du dafür einen Link/Modell/Suchbegriff?

    Danke und viel Spaß noch auf dem 33c3!

  4. #4 Olga
    Gerade in Hamburg
    28. Dezember 2016

    Danke André, ich war und bin begeistert von Deinem Vortrag — trotz des ‘schweren’ Kopfes, den ich mir gestern Abend ‘eingefangen’ habe (eigentlich weiss ich ja, dass ich keinen Tequila vertrage). ,)

    Lese hier schon lange mit, es ist dennoch immer wieder aufregend, den Menschen dahinter auch mal live zu erleben.

    Klasse, grosses Lob, chapeau und weiter so, erst recht hier.

    LG, Olga.

  5. #5 ralph
    29. Dezember 2016

    Schöner Vortrag…
    Und ich schliesse mich dem Wunsch von Ahorn an.

  6. #6 André Lampe
    29. Dezember 2016

    Schnelle Hilfe: Einfach mal beim Onlineversandhandel deines Vertrauens “USB microscope” suchen und ein günstiges auswählen, das einen Preis hat der nicht weh tut wenn es überhaupt nicht geht. Alles etwas teurere hat kaum eine Chance besser zu funktionieren, fürchte ich. Glaub keiner Artikelbeschreibung, alles unter 80Euro hat eigentlich immer 640×480 pixel, auch wenn da 2Mp oder 5Mp stehen, ist das immer nur irgend ein dummes upscaling mit dem man kaum mehr sieht. Aber ich werde – wegen des großen Interesses – mal was dazu bloggen.

  7. #7 rolak
    30. Dezember 2016

    Suchbegriff?

    Kein Thema, ahorn: Suchbegriff.

    keinen Tequila vertrage

    Nicht einmal den ersten, Olga?

  8. #8 rolak
    30. Dezember 2016

    Die Ereignisse überschlagen sich, André – David Kriesels schöner talk über SpiegelMining referenziert den Deinen nicht nur (rein/rauszoomen), es werden darüber hinaus dieselben Grundwerte geteilt :‑)

  9. #9 rolak
    30. Dezember 2016

    (es gab zwar ein Nümmerchen (comment-5771), jedoch keine ‘Moderation’-Ansage)

    • #10 André Lampe
      30. Dezember 2016

      Nümmerchen…? Die seh’ ich selbst gar nicht. Ich hab hier nur zuletzt deinen Kommentar von 03:43 und den jetzt von 13:02.

  10. #11 rolak
    30. Dezember 2016

    Same. Falls Rekonstruktionsbedarf besteht…

  11. #12 tomtoo
    30. Dezember 2016

    @Andre Lampe
    Entschuldige ich kenne mich nicht aus bin aber neugierig.
    Wie macht man das, dieses verdrehen der “Brechungsgläser” (sind doch geätzte Gläser oder ?). Ich meine die Mechanik muss doch sehr präzise sein oder ? Entschuldige wenn die Frage doof erscheint, aber ich möchte es mir einfach vorstellen können.

    • #13 André Lampe
      2. Januar 2017

      Moin! Beziehst du dich auf die strukturierte Beleuchtung, bei der man ein Gitter in die Probe projiziert und verschiebt und dreht? Dabei benutzt man normalerweise ein wirkliches Gitter (wie in der Astronomie zB) oder einen optischen Modulator. Die Mechanik muss nicht sehr genau sein, viel kann man von der Software nachher korrigieren. Aber eine Mechanik die submillimeter genau ist reicht vollkommen aus dafür.

      Kein Grund sich für Fragen zu entschuldigen 😉

  12. #14 tomtoo
    2. Januar 2017

    @Andre
    Vielen Dank, ich kanns mir jetzt so ungefähr vorstellen. Es gibt da so einen eigenartigen Effekt bei Photos die man verschleirn möchte und sie deswegen in Quadrate zerlegt. Macht man dann die Augen zu schlitzen erkennt man das ursprüngliche Bild viel besser. Kennst du bestimmt auch. Gibts da eine Verwandschaft ?

    • #15 André Lampe
      2. Januar 2017

      Naja – die Augen zusammen kneifen ist ja fast so etwas wie eine Fourier-Transformation wo man sich nur die großen Frequenzen anschaut – also ja da gibt es eine Art von Verwandtschaft zu SIM 😉

  13. #16 tomtoo
    2. Januar 2017

    @Andre
    Ok danke ! Schon schräg oder ?
    Ich schaue unschärfer aber trotzdem genauer. 😉

    • #17 André Lampe
      2. Januar 2017

      Naja… genauer nicht unbedingt. Stell es dir wie einen Filter vor, der das hervorhebt was du suchst – in deinem Beispiel wird nicht irgendwas verbessert sondern etwas weggefiltert, dass dir den Blick auf was anderes sonst verdeckt. Siehe das Gitter mit dem Typ im roten Hoddie in meinem Vortrag: Kopfschütteln lasst das Gitter verschwimmen und deswegen sieht man das Bilder “dahinter”. 🙂

  14. #18 Alexander
    Ammersee
    7. Februar 2018

    Moin,

    Schöner Vortrag. Hat mich doch gleich angeregt ein ANDONSTAR USB Microskop zu kaufen (Ali Express).

    Nun siehts leider so aus, als könne das der Micro manager nicht.

    Das ist nicht so ganz wie im Vortrag versprochen …

    Viele Grüße

    Alexander

    • #19 André Lampe
      7. Februar 2018

      Moin! Kannst du vielleicht beschreiben, welches Mikroskop es ist oder einen Link anbieten?

      Welches device hast du unter micromanager ausgewählt? openCVgrabber?

      Oft muss erst noch ein Treiber für die Kamera installiert werden. Meistens bieten die Hersteller einen TWAIN und einen directshow Treiber an. Wenn man den directshow treiber installiert sollte openCVgrabber unter micomanager funktionieren. Die TWAIN-Kamera-Schnittstelle funktioniert in der aktuellen micromanager Version nicht.

      wenn du magst kannst du mir auch ne Mail schicken an andre.lampe{ät]fu-berlin.de mit mehr Details, dass ich in Zukunft präziser sein kann.