Traditionell werden wissenschaftliche Ergebnisse zu einem Projekt aus einem Labor zu einem Manuskript zusammengefasst, an ein Magazin zum Begutachten geschickt, und eines schönen Tages publiziert. Was passsiert aber, wenn 442 Autoren aus über 100 verschiedenen Instituten und Universitäten 147 verschiedene Zelltypen untersuchen? Es entsteht die Enzyklopädie der DNA-Elemente (ENCODE), deren zweite Phase jetzt auf einen Schlag in 30 Papers publiziert wurde.
Im ENCODE Projekt wurde systematisch untersucht, welche Teile der DNA tatsächlich in RNA transkribiert werden, wie dies mit bekannten Transkriptionsfaktoren zusammenhängt, also Proteine, die an DNA binden und so die Transkription beeinflussen, wie sich das Chromatin, zwischen den Zelllinien unterscheiden und wie spezifisch die Histone modifiziert sind (Histone sind Proteinkomplexe, um die die DNA gewickelt ist). Schon dieser Satz mit sechs Kommas macht Mühe zu lesen. Wie soll man dann verstehen was bei dem ENCODE Projekt rauskam?
Die Autoren fassen es in dem Hauptpaper in Nature so zusammen: “These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions.” Anders ausgedrückt: Die DNA, die zwischen den Genen liegt (rund 98% der Gesamt-DNA, im Jargon “Junk-DNA”) hat regulatorische Funktion. Sie beeinflusst direkt und indirekt wann und wie stark Gene abgelesen werden, und ermöglicht dadurch einerseits die große Diversität von Zelltypen und andererseits auch spezifische Antworten von Zellen auf externe Reize.
Die Ergebnisse einer dermaßen umfangreiche Studie können unmöglich in Textform einem einzelnen Artikel akkurat zusammengefasst werden. Nature hat das auch erkannt, und bietet ein nettes Visualisierungstool zu den jetzt publizierten ENCODE Ergebnissen an. Man kann dort in 13 verschiedenen Handlungssträngen die Ergebnisse der Studie nachvollziehen. Das ganze gibts auch als iPad/iPhone App. Und wer eine etwas skeptischere Analyse der Ergebnisse direkt vom Koordinator des Projects und gleichzeitig verantwortlicher Autor des Nature Papers lesen will, ist mit dem Blogartikel von Ewan Birney gut bedient.
Die etwas andere graphische Darstellung der Ergebnisse kommt von Luisa Lente. Sie hat das Cover der Ausgabe von Genome Research im Miró-Stil designt (hier links). In dieser Ausgabe sind glaube ich 16 der 30 Papers veröffentlicht. Luisa und Hagen (Erstautor des Tilgner et al. Papers) haben lange hier in Barcelona gewohnt und auch sonst sind die Papers mit Autoren aus meinem persönlichen Umfeld gespickt. Glückwunsch an dieser Stelle, ich werde mich jetzt gleich zur ENCODE Beer Session in Richtung Strand aufmachen, vielleicht kann ich später noch ein paar Fotos von Autoren nachreichen :-).
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Edit 20:30.
Hier ein paar Fotos von der Feier.
Autoren: Paolo vor Poster, Sara mit Kind und Tom Gingeras, Colin mit Tom Gingeras
Roderic Guigó und Tom Gingeras vor Luisas Poster
Im Innenhof
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