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Big Data in der Biologie – Wie die Integration großer Datensätze zu neuem Wissen führt

Von / 23. April 2013 / 15 Kommentare / Seite 2 von 2 / Auf einer Seite lesen
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Soweit ein kurzer Abriss der Inhalte der drei Publikationen. Natürlich habe ich das nicht alles alleine erforscht, und ich schreibe ja auch schon die ganze Zeit von “wir“. In den Papers steht detailliert wer wie und was beigetragen hat, namentlich möchte ich hier dennoch Judith Wodke erwähnen, die ich die letzten Jahre als Doktorandin betreut habe und die jetzt wieder in Berlin ist. Mit Ricardo Gutierrez und Josep Marcos habe ich seit Jahren zur quantitativen Messung intrazellulärer Metabolite kooperiert. Beide sind sonst mit der Untersuchung von Dopingproben beschäftigt. Großer Dank gilt natürlich auch allen anderen Autoren, insbesondere Manuel Liebeke, Edda Klipp und Luis Serrano.

Heute Nachmittag feiern wir die Papers. Traditionell mit Cava, Pan con Tomate, Queso und Jamon auf der Terrasse meines – jetzt ehemaligen – Institutes. Außerdem ist heute noch Sant Jordi und heute Abend spielt Bayern gegen Barça. Ich habe das Gefühl, es wird ein langer Tag – und eine lange Nacht.

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ResearchBlogging.orgWodke, J., Puchałka, J., Lluch-Senar, M., Marcos, J., Yus, E., Godinho, M., Gutiérrez-Gallego, R., dos Santos, V., Serrano, L., Klipp, E., & Maier, T. (2013). Dissecting the energy metabolism in Mycoplasma pneumoniae through genome-scale metabolic modeling Molecular Systems Biology, 9 DOI: 10.1038/msb.2013.6

ResearchBlogging.orgBorràs, E., Espadas, G., Mancuso, F., Maier, T., Chiva, C., & Sabidó, E. (2013). Integrative quantitation enables a comprehensive proteome comparison of two Mycoplasma pneumoniae genetic perturbations Molecular BioSystems DOI: 10.1039/C3MB25581F

ResearchBlogging.orgMaier, T., Marcos, J., Wodke, J., Paetzold, B., Liebeke, M., Gutiérrez-Gallego, R., & Serrano, L. (2013). Large-scale metabolome analysis and quantitative integration with genomics and proteomics data in Mycoplasma pneumoniae Molecular BioSystems DOI: 10.1039/C3MB70113A

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Kommentare (15)

  1. #1 Fliegenschubser
    23. April 2013

    Glückwunsch zu den drei Papers!!

    Am spannendsten finde ich, nach kurzer Lektüre dieses Blogposts, dass ihr wohl nun vorhersagen könnt, was passiert, wenn ein bzw. zwei Gene ausgeknockt werden. Das hätt ich soooo gerne auch für komplexere Organismen…

  2. #2 Tobias Maier
    23. April 2013

    Danke, Fliegenschubser.
    Experimentell wird das ja mit Genetic Interaction screens untersucht, durchaus auch in komplexeren Organismen. In Mycoplasma fehlen die Molekularbiologische Methoden für experimentelle double knockouts.
    Interessant wäre (z.B. in Hefe) experimentelle Daten mit Modellvorhersagen zu vergleichen.

  3. #3 CM
    23. April 2013

    Glückwunsch auch von mir zu so vielen Papern in so schneller Folge! Aber vor allem, dazu, dass ihr feiern könnt! (Die Wichtigkeit eines schönen Projektabschlusses wird immer unterschätzt! – keine Ironie)

    Gruß,
    Christian

  4. #4 Tobias Maier
    23. April 2013

    Danke Christian,
    die schnelle Folge der Papers war absolut Zufall. Eingereicht wurden zwei der drei Manuskripte zum ersten Mal Anfang Juni 2012. 10 Monate später mit Ablehnungen und Revisionen sind sie endlich publiziert.

  5. #5 Fliegenschubser
    23. April 2013

    “Interessant wäre (z.B. in Hefe) experimentelle Daten mit Modellvorhersagen zu vergleichen.”
    Ja, das wäre ein wichtiger Schritt. Und danach müsste man schauen, ob und wie weit sich diese Modelle dann auf andere (vermutlich zuerst verwandte) Spezies übertragen lassen. Und dann könnte man noch….hm…sooo viel zu tun

  6. #6 Dr. Webbaer
    23. April 2013

    Viel Erfolg!
    MFG
    Dr. W

  7. #7 Tobias Maier
    23. April 2013

    Danke!

  8. #8 Aveneer
    24. April 2013

    Glückwunsch – Und das Leben ist wieder ein Stück komplizierter.
    Was sagt die Statistik? Anstieg der Komplexität bei hinzunahmen eines weitern Gens/Proteins? Und da gibt es noch regulatorische RNA, oder Proteine mit unbekannter „Backup“-Funktionen um den Verlust eines anderen auszugleichen…

    Ein ist klar: Eure Arbeit geht nicht aus 😉

    Zum Artikel:
    „Das Bakterium nutzt die ihm zur Verfügung stehende Energie nur sehr ineffizient für Wachstum.“
    A) Die Frage ist, ist das Überleben in der Wirtszelle auf maximale Zellteilung ausgerichtet oder auf Überleben?
    B) Die Daten kommen aus „Batch-Verfahren“? Nun – als intrazellulär lebender Parasit mit fast paradiesischen Verhältnissen, sind die Kleinen vielleicht mit machen PH-Bereichen überfordert? Die Armen denken am Schluss noch die sitzen in einem Lysosom und bekommen Panik? Ein Vergleich der Ergebnisse mit einer „Chemostat-Kultur“ könnte daher ganz andere Ergebnisse liefern?

    Wie gesagt: Eure Arbeit geht nicht aus 😉

  9. #9 Björn Brembs
    24. April 2013

    Glückwunsch! Das sieht immer gut aus, so ein lupenreiner Hattrick! 🙂

    Viele Grüsse,

    Björn

  10. #10 Tobias Maier
    25. April 2013

    Danke, Aveneer.
    Die Arbeit geht auf jeden Fall nicht aus, und deine Vorschläge sind spot-on!

    Björn,
    merci! Lupenrein wäre drei mal das gleiche Journal in der selben Ausgabe. Aber egal, ich bin ja gerade dabei das Journal-Konzept sowieso ganz abzuschaffen 😉

  11. #11 Sam
    10. Juni 2013

    Erst mal Entschuldigung,
    das ich mich hier ins Kommentarfeld einbringe, aber ich habe eine Chemie-Frage und keine Ahnung von Chemie.

    Es geht um die “weltweiten Streifen am Himmel” die zu Wolken werden. Das Zaubermittel dagegen soll Essig sein?

    Bei Youtube habe ich mir einiges dazu angeschaut und bin erstaunt. Wie viel Videos es gib,t zu “Essig gegen Chemtrails” oder “Vinegar against Chemtrails”

    Eine oder mehrere Chemie-Expertenmeinungen wär schön.
    Vielen Dank fürs Verständnis .

    Antworten bitte auch an diese mail s.rafea@gmail.com

  12. #12 Tobias Maier
    10. Juni 2013

    Sam,
    bei ScienceBlogs bist du schon richtig, nur leider nicht hier bei mir im Blog. Meine Kollegen schreiben aber regelmäßig zu Chemtrails, z.B.
    https://scienceblogs.de/astrodicticum-simplex/2012/06/22/informiert-euch-uber-chemtrails/
    oder: https://scienceblogs.de/astrodicticum-simplex/tag/chemtrails/

  13. #13 Silas
    1. August 2013

    Klasse das es funktioniert hat 😀 habe schon ein paar Videos gesehen. Weiter so, toller Blog LG Silas

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