Suchergebnisse für „Reproduzierbarkeitskrise“
Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (10) – Noch einmal EXCEL in der Bioinformatik
Puh, ich weiß, über Excel in der Bioinformatik gab es hier schon einen Beitrag in dieser Serie. Und zuvor auch schon mal in anderem Kontext. Und jetzt, nach einer kleinen Blogpause, noch ein Artikel? Ja, denn im Laborjournal, einer Zeitschrift, die im deutschsprachigen Raum in ziemlich vielen biochemisch arbeitenden Laboren gelesen wird, stand im letzten…
Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (9) – runs-on-my-system Software und schwer installierbare Software
Ihr ahnt nicht, was es so gibt in der schönen Welt des wissenschaftlichen Rechnens. Viele Programmierer werfen ihren Nutzern einfach so ihre Software vor die Füsse und kümmern sich danach einfach nicht mehr darum. Schließlich funktioniert die fragliche Software ja. Und wer nachfragt, wie man diese ☠@✴#-Software ans Laufen bekommt mitunter zurück: “Bei mir funktioniert…
Wie ich schon vor ein paar Tagen schrieb: Ich unterrichte WissenschaftlerInnen aus nicht-IT-affinen Wissenschaften in Programmierung mit C++ und Python (und shell-Programmierung, etc.). Und das macht Spaß, ich hoffe sehr darauf, dass ich im Spätsommer oder Herbst die Kurse wieder in einem Kursraum mit lauter motivierten TeilnehmerInnen halten kann. Es wird eine große Erleichterung sein,…
Die Probleme des Peer-Review hatten wir auch hier im Blog schon mal (Beispiel und Beispiel). Aber diese mir zugespielte Antwort eines Editors schießt den Vogel ab. Dieses Kommentar eines editorial office einer wissenschaftlichen Zeitschrift fordert: Please do return the similarity report of the revised manuscript together with re-submission. The author should check the similarity rate…
Reproduzierbarkeitskrise – Eine Einschätzung aus der biomedizinischen Grundlagenforschung
Elisabeth Bik, Arturo Casadevall und Ferric Fang haben vor vier Jahren schon ein virtuelles Screening vieler Veröffentlichungen im Bereich biomedizinischer Forschung unternommen[Bik et al., 2016]. Über 20.000 Veröffentlichungen wurden in Augenschein genommen und daraufhin untersucht ob es in den Artikeln duplizierte Abbildungen oder Teile von Abbildungen gab. Gesucht wurde nur nach dem Begriff “Western blot”,…
Der Lange Arm der Reproduzierbarkeitskrise – Ressourcenverschwendung und gefundenes Fressen für Scharlatane
Wo ist der Zusammenhang zwischen der Reproduzierbarkeitskrise in den Laborwissenschaften, dem Klimawandel und Verschwörungstheoretikern aus dem universitären Umfeld? Ein paar Gedanken … Kits & Computer = “Klimafrevel” durch Ignoranz? Mindestens die Hälfte aller bedeutenden biochemischen Publikationen sind nicht gut reproduzierbar, andere Schätzungen nennen eher zwei Drittel[Begley & Ellis, 2012; Prinz et al. 2011]. Das bedeutet…
Arbeitsgruppen lernen nicht. Einzelne Mitglieder vielleicht, aber Arbeitsgruppen haben Arbeitsweisen von denen sie sich schwer, wenn überhaupt, abbringen lassen. Das ist mein Résumé aus bislang 7 Jahren als universitärer Berater für wissenschaftliches Rechnen in den Lebenswissenschaften. Das ist zwar “nur” eine persönliche Erfahrung, aber wer Kuhn gelesen hat (also den Kuhn, nicht den Kuhn), den…
Ganz zu Anfang des Blogs hatte ich ja schon einmal angedeutet, dass ich einen Zusammenhang sehe zwischen schlechter Software und mangelnder Reproduzierbarkeit von wissenschaftlichen Aussagen. Das es um die Entwicklung von wissenschaftlicher Software, gerade in der Bioinformatik, nicht gut bestellt ist, habe ich ebenfalls behauptet. Und gleich im dritten Beitrag kam die Ten Years Reproducibility…
Kurz nach Start des Blogs erschien in Nature der Aufruf zur “Ten Years Reproducibility Challenge”. Ich habe darüber berichtet und auch zugegeben, dass bei eigener Software nicht immer gut um die Frage nach der Lauffähigkeit nach langer Zeit bestellt ist. Inzwischen gibt es bereits einige Rückläufer in Form von Veröffentlichungen zu einer ausgewählten Software, die…
In meiner Sommerpause schrieb mir ein lieber Kollege, dass ihm zu “Klicken bis die Kurve stimmt” noch HARKing (Hypothesizing After the Results are Known)[Kerr, 1998] einfiele. Den Begriff hatte ich zwar schon ab und an gehört, schließlich habe ich PostDoc-Zeit unter Statistikern verbracht, aber habe ich wenig darüber nachgedacht zeigte mir ein anderer Artikel, dass…
