Suchergebnisse für „Reproduzierbarkeitskrise“
Vor einer Weile hat ein Editor einer wissenschaftlichen Zeitschrift beschrieben was ihn umtreibt[Miyakawa, 2020]. Er hat eine besorgniserregende Beobachtung getätigt und – ganz guter Wissenschaftler – die Probe aufs Exempel gemacht, also Daten erhoben und beschrieben: Bei 41 zur Veröffentlichung eingereichten Artikeln war sein Editor-Impuls “This is too beautiful to be true.”. Folgerichtig hat er…
Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (2) – Nicht zu jedem Topf passt ein Deckel: Über die Schwierigkeit gute Reviewer zu finden
Über das Peer Review wurde hier auf Scienceblogs schon viel geschrieben, verdammt viel … wirklich viel. Kann man da wirklich noch etwas Neues schreiben? Nun, diese Serie fing ganz anders an. Es geht in dieser Serie denn auch nicht (ausschließlich) um die statistischen Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (also p-Hacking und Co.), sondern verstärkt um allgemeine Zutaten…
Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (1) – Der Einfluss von Excel auf die Bioinformatik
Die IT-affinen unter Euch wissen, was git ist. Für alle Anderen gaanz kurz: Es ist ein Versionsverwaltungssystem, mit dem Änderungen in Texten nachvollzogen werden könne. Man kann einen alten Zustand eines oder mehrerer Text wiederherstellen. Man kann einen Zustand “einfrieren” und als Version herausgeben (zu “versionieren“)- so kann man sich auch später wieder auf diese…
Container sind in der Welt der IT keine neue Mode. Und so ist es vielleicht nicht verwunderlich, dass ich vor ein paar Wochen einen atemlosen Anruf eines freundlichen Professors erhielt, der mir mitteilte, wir (also meine Institution) bräuchten dringend eine Cloud mit einem bestimmten containerbasierten Workflowsystem. Anders sei reproduzierbare Bioinformatik heutzutage nicht mehr darstellbar! Und…
PubPeer ist eine wunderbare Plattform, auf der öffentlich nachgeholt werden kann, was bei PeerReview übersehen wurde! Wann immer ein kleiner Fehler in einer Publikation gefunden wird, gar eine Fälschung oder schlicht Diskussionsbedarf besteht, hier kann hart, aber kollegial Öffentlichkeit hergestellt werden. Klar, es ist ein Pranger. Doch wie oft habe ich / habt ihr erfolglos…
Die Arbeit von Elisabeth Bik habe ich hier im Blog bereits einmal kurz vorgestellt. Damals offenkundig nicht so gut, dass es allgemein verstanden wurde. Also … es gibt offenbar eine ganze Reihe problematischer Veröffentlichungen, wo Bilder oder Bildbestandteile dupliziert werden. Problematisch ist dies, weil Abbildungen wie mikroskopische Aufnahmen von Zellen, die genau unter einer experimentellen…
F.A.I.R. sollen Eure Daten sein! – Ein grober Überblick über die Herausforderungen wissenschaftlichen Datenmanagements
Wer von euch hat schon mal wissenschaftlich gearbeitet? Eine Diplom-, Bachelor-, Master- oder gar Doktorarbeit? Dann habt ihr auch Datenmanagement betreiben müssen. Die Wahrscheinlichkeit ist groß und sie steigt mit dem Alter eurer Arbeit auf 100 %, dass dieses “Datenmanagement” darin bestand alle Daten auf CD oder (etwas moderner) auf einem Rudel von Festplatten zu…
Strukturextrapolation – ein Kernproblem der Wissenschaft(skommunikation), oder was ist eigentlich “wissenschaftliche Software”?
Vor ein paar Tagen war ich schlaflos, griff ins Regal und fand das schöne Buch “Die Logik des Misslingens” (kommerzieller Link) des Psychologen Dietrich Dörner. Ein schönes Buch, auch wenn schon etwas älter. Und bei einem Kapitel fiel es mir wie Schuppen von den Augen … Warum haben Aliens menschliches Antlitz? Dörner wundert sich, warum…
Alle Software – sofern nicht sehr klein oder sehr lange gepflegt (Jargon: “gut abgehangen”) – enthält Fehler. Immer. Wissenschaftliche Software insbesondere, denn sie ist oft komplex, leider zu oft von Leuten entwickelt, die wenig Ahnung von Softwareentwicklung haben (was zusätzliche Fehlerquellen einführt) und nicht zuletzt wird sie häufig als proof-of-concept entwickelt (sie war also niemals…
Pipeline oder nicht Pipeline? Im ersten Teil ging es darum zu charakterisieren was eine Pipeline in der Bioinformatik ist. Hoffentlich wurde klar, dass die Weise wie manche Datenanlyse Pipeline umgesetzt wird, extrem verschwenderisch sein kann. Wer erst einmal soweit ist zu erkennen, dass eine gegebene Pipeline heterogene Ressourcenanforderungen hat und das dies ernsthafte Performanceprobleme birgt,…
