In seiner Kritik am Kreationismus hat Robert T. Pennock 1999 eine interessante Unterscheidung zwischen verschiedenen Arten des Naturalismus getroffen (nachzulesen in „The Tower of Babel: The Evidence against the new Creationism.”) Pennock unterscheidet den sogenannten „ontologischen Naturalismus” vom „methodologischen Naturalismus”. Während der ontologische Naturalismus (den Pennock auch als „metaphysischen” bezeichnet) definitive Aussagen darüber macht, was existiert und was nicht existiert, versteht sich der methodologische Naturalismus nur als eine Methode zur Erforschung dessen, was wir über die Welt in Erfahrung bringen können.
Der methodologische Naturalist sagt nichts Abschließendes darüber, was in der Welt existiert und was nicht
Der ontologische Naturalist streitet typischerweise die Existenz eines Gottes ab. Das tut der methodologische Naturalist nicht, er trifft überhaupt keine explizite Aussage über die Frage, was in der Welt letztlich existiert und was nicht. Für den methodologischen Naturalisten ist es nur wichtig, in der Erforschung der Welt keine Methode und kein Argument zuzulassen, welches auf die Existenz eines Gottes oder einer anderen übernatürlichen Macht gestützt ist.
Die wissenschaftliche Methode des methodologischen Naturalismus legt sich also eine Selbstbeschränkung auf. Sie zwingt sich, nur Gründe zuzulassen, die letztlich empirisch überprüfbar sind. Ein Gott als Erschaffer der Welt oder als ein Wesen, das letztlich die Prozesse in der Welt steuert, das in die tatsächlichen empirisch beobachtbaren Entwicklungen eingreift, ist selbst nicht empirisch überprüfbar. Deshalb ist die Annahme eines solchen Schöpfers oder Steuerers innerhalb des wissenschaftlichen Diskurses nicht zulässig.
Das heißt für den methodologischen Naturalisten jedoch nicht, dass es einen Gott nicht gibt und auch nicht, dass ein solcher Gott nicht in irgendeiner Weise mit den Menschen und unserer erfahrbaren Welt in Kontakt steht. Einerseits wäre es denkbar, dass dieser Gott den Menschen ihre Erkenntnisfähigkeit erst gegeben hat, dass er möglicherweise dem Forscher hilft beim Finden genialer neuer Konzepte. Es ist auch möglich, dass er letztlich all die Naturgesetze, die die Wissenschaftler entdecken, sozusagen initial geschöpft hat.
Zu all dem macht ein methodologischer Naturalist keine Aussage, da solche Annahmen grundsätzlich nicht einer wissenschaftlichen Erforschung zugänglich sind. Nur eines ist klar: Wo die Annahme eines Schöpfers in die Wissenschaft selbst als Hypothese eingeführt wird, hört die Wissenschaft auf, eine wissenschaftliche Methode zu benutzen. Der Wissenschaftler muss in seiner Argumentation methodisch ohne Gott auskommen, er kann aber einen Gott um einen guten Einfall bitten.
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