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Tubes in den Größen 5 ml, 1,5 ml, 200 µl

 

Auch die Tubes gibt es in verschiedenen Größen und auch sie werden in rauhen Mengen verbraucht. Sie bestehen aus einem inerten Plastikmaterial, das noch dazu möglichst wenig Flüssigkeit durch Adhäsion zurückhält. Sie sind luftdicht verschließbar und halten hohe mechanische Belastung und Temperatur aus. Sie dienen sowohl als Aufbewahrungsbehälter (in unseren Kühl- und Gefrierschränken (davon habe ich kein Photo gemacht, die sollte jeder kennen) stehen Kisten mit Tausenden davon) als auch als Misch- und Reaktionsgefäße. Man kann auch 96 Tubes aneinanderschmelzen und die Deckel entfernen, dann erhält man eine 96-well-Platte

Quelle: www.4ti.co.uk

 

Zwei wichtige Geräte, die man, wie Locher und Tacker auf dem Schreibtisch, immer auf seinem Arbeitstisch im Labor hat, sind Minizentrifuge und Vortex-Mischer:

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Minizentrifuge

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Vortexer

 

Die Minizentrifuge erzeugt keine nennenswerte Beschleunigung, ist aber unerlässlich, um Tröpfchen, die sich an den Innenwänden von Tubes gebildet haben, von den Wänden herunter auf den Tubeboden zum restlichen Volumen zu schleudern. Korrekt heißt das “Abzentrifugieren”, im Laborjargon “Runterdrullern”. Der Vortexer macht im Prinzip das Gegenteil: er erzeugt eine starke Rotation/Vibration und wenn man ein Tube in die Mulde (s. Bild) hält, wird sein Inhalt extrem stark gemischt und verwirbelt. Für eine homogene Durchmischung, z.B. bei manchen Extraktionsvorgängen ist das unerlässlich. Man muß aber aufpassen, daß es einem dabei durch die enormen Scherkräfte nicht seine DNA zerlegt (das kann tatsächlich passieren).

Für die “echten” Zentrifugationsaufgaben haben wir natürlich auch mehrere größere Maschinen, die zusätzlich bei Bedarf auch gekühlt werden können.

fuge

kleine Kühlzentrifuge

 

So eine Zentrifugation kann schon mal eine halbe Stunde dauern und Beschleunigungen von 16.000 facher Erdbeschleunigung erzeugen! Das ist nötig, um z.B. eine Flüssigkeit durch eine extrem engporige Filtersäule zu treiben oder um frei in einer Flüssigkeit schwimmende aber nicht gelöste DNA-Moleküle zu einem Plätzchen (sog. Pellet) am Boden eines Tubes zusammenzupressen oder um einem solchen Pellet eine gründliche Reinigung (mit Ethanol) zu verpassen . Häufig wird bei Extraktionsprozessen, wie z.B. von DNA aber nicht nur zentrifugiert, sondern auch gerüttelt.

thermo

Schüttelnd, nicht rührend!

 

In so einem Thermomixer kann man mehrere Proben gleichzeitig bei einer bestimmten Temperatur und unter beständigem Schütteln (z.B. mit 500 Schüttlern pro Minute)  inkubieren. Wenn man die DNA dann erfolgreich aus einer Probe extrahiert hat, muß man herausfinden, wie viel DNA man gewonnen hat. Das geht sehr genau (aber auch umständlich) mittels qPCR-Quantifizierung oder schnell und nicht ganz so genau mit einem Fluorometer, das die Fluoreszenz von mit einem Farbstoff versetzter, doppelsträngiger DNA mißt und daraus die Menge berechnet:

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unser Quantus-Fluorometer. Hat noch keinen Namen. Vorschläge?

Und wer kennt noch diesen Gesellen hier:

pcr

der T3: besser als der T2 und statt rumzuballern macht er PCR

Genau. Das ist der Thermocycler, mit dem man eine PCR durchführen kann und den man so oder so ähnlich in jedem einzelnen Genetik-Labor dieser Welt findet!

Werfen wir einen Blick ins RNA-Labor. Dort fällt sofort die “Hood” auf, eine Art Haube über einem Arbeitsplatz, die diesen vor äußeren Einflüssen schützt und im Inneren entstehende Aerosole und Dämpfe, z.B. von Phenol, absaugt:

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das ist meine Hood, Alter!

 

Alle Arbeiten mit und an RNA finden immer bei Eiskühlung unter einer dieser Hoods statt. Man sieht, daß darin eigene Pipettensätze, Pipettenspitzen und Tube-Voratsbehälter stehen, die immer darin bleiben. RNA ist sehr empfindlich und muß aufwändig vor Degradierung geschützt werden. Bevor und nach der Arbeit wird die Hood und alle Oberflächen darin deshalb auch mit RNAse-Inhibitor behandelt. Das sind Chemikalien, die Enzyme, welche die RNA zerstören und sich blöderweise überall in der Umwelt u.a. in unserem Schweiß befinden, deaktivieren. Die Dose mit dem grünen Deckel unten rechts im Bild, enthält Wischtücher, die mit RNAse-Inhibitoren 20140827_144909getränkt sind und zum Putzen dienen. So verhindern wir, daß unsere kostbaren RNAs Schaden nehmen. Im RNA-Labor gibt es auch einen Schrank (links), in dem wir die sogenannten “Kits” lagern. Kits sind Kartons mit gebrauchsfertigen Zusammenstellungen von Chemikalien und Verbrauchsmaterial (z.B. sog. Säulen), die man benötigt, um einen bestimmten Arbeitsschritt durchzuführen, z.B. die Extraktion von RNA aus Gewebeproben. Man könnte sich das auch alles für weniger Geld selber herstellen nur würde das lange dauern, ggf. sehr aufwendig sein und hohes Kontaminationsrisiko bergen. Für uns lohnt es sich und ist es bequemer, die meisten Prozeduren mit Kits durchzuführen, wobei es natürlich diverse konkurrierende Hersteller gibt, die ähnliche Kits anbieten.

flattr this!

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Kommentare (12)

  1. #1 Fliegenschubser
    04/09/2014

    Vielen Dank für diesen Rundgang. Es ist immer interessant zu sehen, wie so in anderen Laboren aussieht. Zwei Fragen habe ich: Kann man sich das Quantus-Fluorometer wie ein NanoDrop(TM) vorstellen? Um was für ein Gerät handelt es sich bei Sherlock? Gelelektrophorese ohne Gele und EtBr klingt verlockend^^

  2. #2 Cornelius Courts
    04/09/2014

    @Fliegenschubser: “Quantus”

    ich glaube, nicht ganz so gut (und teuer), wie ein Nanodrop. Mißt Fluoreszenz (nicht Absorption) aus kleinen Mengen (1µl) und kann DNA, RNA und Protein. Wir haben auch ein Qubit, sind aber jetzt auf den Quantus umgestiegen 🙂

    “Sherlock”

    Sherlock ist ein Agilent 2100 Bioanalyzer: https://www.genomics.agilent.com/en/product.jsp?cid=AG-PT-106&_requestid=198985
    Seeehr cooles Teil 🙂

  3. #3 rolak
    04/09/2014

    ForGe

    Wie in ‘forgery’? Oder mehr Richtung Hephaistos? Wer denkt sich denn sowas aus…

    Apropos Ausdenken: Quanto.

  4. #4 Fliegenschubser
    04/09/2014

    @CC Vielen Dank. Der Bioanalyzer gefällt mir. Aber vermutlich werden wir den nicht kaufen, nur weil der toll is….So häufig bräuchten wir den auch nicht, denke ich…

    @rolak: Ziemlich harter Tobak, den du da auftischst…o.O

  5. #5 Fliegenschubser
    04/09/2014

    @rolak: Na toll, nu hab ich n Ohrwurm -.-

  6. #6 Cornelius Courts
    04/09/2014

    @rolak: ” Wer denkt sich denn sowas aus…”

    Moi! Und isch spräschö es fronsösisch aus. Dann klingt es wie “Forsch”! Ist sowohl ein Imperativ als auch ein Adjektiv.
    Geilon, oder?

  7. #7 rolak
    04/09/2014

    Forsch

    hehe, Lautmalerei, Fremdsprachen-mißbrauchende, das schubst meine Assoziationen lässig ins Off. Prost den forschen Forschenden, um mal ins ~palindromische abzuschweifen…

  8. #8 CM
    05/09/2014

    Ha! Das Überraschende (für mich als ehemalige Laborratte) ist wie sauber und aufgeräumt das Labor ist. (Ja, ja, so sollte es überall sein, wo mit R/DNA gearbeitet wird, ist es aber nicht.)

    Einzig bzgl. der Aussage E-Pipette (ähnlich cool, wie eine E-Gitarre) fühle ich mich irgendwie zu barock – ansonsten spricht mich der Text sehr an 😉

  9. #9 Marcus Anhäuser
    05/09/2014

    Wer sich für das Innenleben in einem Labor interessiert, den verweise ich mal auf meine altes Blogprojekt hier https://scienceblogs.de/labortagebuch/ . Da sah es nicht wesentlich anders aus: https://scienceblogs.de/labortagebuch/2009/10/12/und-was-ist-das-und-das-und-das/

  10. #10 superschaaaf
    09/09/2014

    Danke für den Einblick 🙂

    Meine Assoziationen zu Quantus-Fluorometer:
    Flori, Florian, Flo, Floh, Hüpfer, Springbock, Antilope, Giraffe, Afrika, Ebola…
    Ok, letzteres geht vlt zu weit…

  11. #11 Cornelius Courts
    09/09/2014

    @superschaaf: geht weiter: Ebola, Bola, Catwoman, Batman, “Geh’ ins Bett, Mann!”, morgen früh aufstehen, Arbeit, Labor, Quantus.

  12. #12 Bullet-der-Kommentator
    11/09/2014

    @CC:

    unser Quantus-Fluorometer. Hat noch keinen Namen. Vorschläge?

    Der erste Gedanke soll ja der beste sein: Game Boi.
    (mit “i”, um das Namensrecht nicht zu verletzen… hähähä)