Wer könnte meinen “schlechte Werkzeuge (in der Bioinformatik)”-Rant besser fortsetzen als Randall Munroe mit dem aktuellen xkcd-Comic?
Nein, keine Angst: Sooo läuft Bioinformatik tatsächlich nicht ab. Das Comic übertreibt vollkommen. Und doch … Anwendung von allgemeinen Programmen, die nie für die Aufgabe gedacht waren, für die sie verwendet werden? Das kommt schon vor und wird demnächst bestimmt mal wieder Thema. explainxkcd bemerkt dazu:
Megan might be better served by using a diff tool, but most scientists are generally not experienced computer programmers or system administrators, and often do use mainstream tools to do tasks that could be done much more efficiently in a more esoteric way.
esoteric way??? Nee, da bin ich doch nicht einer Meinung mit dem Autor dort: Denn wer algorithmisch beschreiben kann, was gemacht wurde, hat den ersten Schritt zur Reproduzierbarkeit getan. Zugefügt am 28. April 2020: diff-tools, so wie im Zitat angedeutet finden bei Sequenzvergleichen keine Verwendung. Vor Vergleichen stehen sogenannte Alignments; es wird zwischen lokalen und globalen Alignments unterschieden – die abhängig von der Fragestellung eingesetzt werden. Esoterisch sind diese Programme nicht – wohl aber manches Mal die Diskussion, welches Programm das “Beste” sei. (Ende der Änderung)
Ach, und der tiefere Witz für die mitlesenden Bioinformatiker ist natürlich beim title text:
Spellcheck has been great, but whoever figures out how to get grammar check to work is guaranteed a Nobel.
Die tiefere Bedeutung einer Sequenz(änderung) herausfinden – das ist Wissenschaft! Und wer das automatisiert hat den heiligen Gral gefunden. Viel Erfolg!
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