UAP – die “Universal Analysis Pipeline” wurde bereits im letzten Jahr als “Pipeline”-Lösung für Bioinformatik-workflows publiziert[Kämpf et al., 2019]. Für diesen Artikel ist wichtig zu verstehen, dass genomorientierte Bioinformatik (wie auch nahezu alle komplexe Datenanalytik) nahezu jederzeit bedeutet eine Analyse in eine Vielzahl von Schritten (z. B. – Achtung starke Vereinfachung – Qualitätsbestimmung, Qualitätskontrolle, Mapping,…

Dieser Tage erreichte mich eine Mail – siehe Bild. So so, also die beliebtesten Artikel in “BMC Bioinformatics“. Nein, die Artikel, welche die meiste online-Aufmerksamkeit erregten. Das ist in der Tat etwas anderes. Was genau? Der Link zur Metric von Magic-Blast gibt Auskunft: Vielleicht bin ich ja ein zu alter Wissenschaftler, aber ich finde, liebe…

Selbstverständlich werde ich nicht über die Wahl schlechter Werkzeuge, die mir beruflich begegnet im Detail schreiben: Vertraulichkeit von Anfragen ist selbstverständlich. Überhaupt: Wir sind alle mal angefangen und — Hand auf Herz — da hat die Eine oder der Andere auch schon mal eine Frage auf DAU-Niveau (oder nahe dran) gestellt. Das hier zu bloggen…

Zur Zeit versuche ich zu erheben, welche Qualität in der Bioinformatik publizierte Software tatsächlich hat. Rein subjektiv hat sich in den letzten 10 Jahren wenig verändert. Das ich meine Zweifel habe, ob die Qualität gut ist, dürfte Euch schon aufgefallen sein (ich denke nicht, dass alles schlecht ist!). Andere haben prinzipielle Bedenken, in Hinblick auf…