Wir schreiben das Jahr 2021. Es ist peinlich über diese Dinge schreiben zu müssen: Dieser Blogbeitrag ersetzt keine Vorlesung. Er beschreibt nur wenige der wirklich wichtigen Aspekte wissenschaftlicher Software – und hat nicht einmal den Anspruch auf Vollständigkeit. Allerdings …. wie mein letzter Beitrag in dieser Reihe gezeigt hat, gibt es bei Veröffentlichungen in der…

Beim gegenwärtigen #rC3 gab es bereits eingangs einen sehr interessanten Beitrag: “Die Geschichte der Corona-Warn-App”. Im Blog war ja schon an verschiedener Stelle Thema, dass Softwareentwicklung für proof-of-concept und für den Produktionseinsatz bzw. hier gar millionenfachen Einsatz zwei verschiedene Welten sind. In der Präsentation kommt das gut herüber und besonders gut ist, dass nachvollziehbar wird,…

Ganz zu Anfang des Blogs hatte ich ja schon einmal angedeutet, dass ich einen Zusammenhang sehe zwischen schlechter Software und mangelnder Reproduzierbarkeit von wissenschaftlichen Aussagen. Das es um die Entwicklung von wissenschaftlicher Software, gerade in der Bioinformatik, nicht gut bestellt ist, habe ich ebenfalls behauptet. Und gleich im dritten Beitrag kam die Ten Years Reproducibility…

Lange schon finde ich die Reihe “Ten simple rules for …” des Journals “PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY” amüsant. Ich lese sie gerne und ab und an gibt es Anregung zum Nachdenken – keineswegs sollte man annehmen, dass mit zehn einfachen Regeln ein beliebiges Thema allumfassend behandelt werden kann. Und so ist es auch nicht sinnvoll sich…

Da hat der fefe doch schön gelästert: Linux fährt jetzt “inclusive terminology”. Erstmal nur für neuen Code. Da werden aber bei den ganzen Sklaven der Neuzeit die Korken knallen! Endlich befreit sie mal jemand! Klar, übertriebene Political Correctness nützt niemandem – andererseits prägen Sprachgewohnheiten unser Denken und können verletzend sein. Doch abgesehen von solch prinzipiellen…

Zusammen mit Kollegen an anderen Einrichtungen bemerke ich immer wieder, dass nicht-IT-affine Universitätsarbeitsgruppen für bestimmte Projekte eine(n) BioinformatikerIn zu einer Masterarbeit oder Doktorat “anheuern”. Heraus kommt eine Software … Damit das hier ein konstruktiver Beitrag wird, brauchen wir ein Beispiel. Am besten ein schlechtes Beispiel, denn damit werden bestimmte Fehler augenfällig. Nehmen wir: Mich. Kleine…

Dieser Tage erreichte mich eine Mail – siehe Bild. So so, also die beliebtesten Artikel in “BMC Bioinformatics“. Nein, die Artikel, welche die meiste online-Aufmerksamkeit erregten. Das ist in der Tat etwas anderes. Was genau? Der Link zur Metric von Magic-Blast gibt Auskunft: Vielleicht bin ich ja ein zu alter Wissenschaftler, aber ich finde, liebe…

Besondere Zeiten sind dies. De facto findet die “International Supercomputing Conference” (ISC) in diesem Jahr ausschließlich online statt. Es ist DIE Konferenz im High Performace Computing (HPC)-Bereich in der unter anderem im halbjährlichen Wechsel mit ihrem amerikanischen Pendant die Liste der 500 schnellsten Supercomputer veröffentlicht wird. Eine Konferenz mit Messecharakter, vielen schaustellenden Firmen also. Aber…

Zur Erinnerung: Als Beispiel für meine Mini-Serie über Lehre dient eine Einsteigerkurs, der das Ziel hat WissenschaftlerInnen, die einen Hochleistungsrechner (auch Cluster) nutzen, die Grundlagen zum selbstständigem Arbeit mit dem Cluster zu vermitteln. Und im ersten Artikel dieser Serie habe ich angedeutet, dass Lehre für HPC-NutzerInnen mit Tücken behaftet ist … Zuerst: Ein Rückblick Ungefähr…