Mitten in den rheinlandpfälzischen Herbstferien startet wird in Mainz das Semester wieder beginnen – oder besser: die Vorlesungszeit wieder starten (in anderen Bundesländern sind die Termine andere). Es wird ein ungewöhnliches Semester werden. Eines, in dem die Studierenden mit ihren Träumen und Idealen sitzen werden – meist hinter einem Bildschirm. Kein Brainstorming während oder nach…

Lange schon finde ich die Reihe “Ten simple rules for …” des Journals “PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY” amüsant. Ich lese sie gerne und ab und an gibt es Anregung zum Nachdenken – keineswegs sollte man annehmen, dass mit zehn einfachen Regeln ein beliebiges Thema allumfassend behandelt werden kann. Und so ist es auch nicht sinnvoll sich…

UAP – die “Universal Analysis Pipeline” wurde bereits im letzten Jahr als “Pipeline”-Lösung für Bioinformatik-workflows publiziert[Kämpf et al., 2019]. Für diesen Artikel ist wichtig zu verstehen, dass genomorientierte Bioinformatik (wie auch nahezu alle komplexe Datenanalytik) nahezu jederzeit bedeutet eine Analyse in eine Vielzahl von Schritten (z. B. – Achtung starke Vereinfachung – Qualitätsbestimmung, Qualitätskontrolle, Mapping,…

Das Publikationswesen in der Informatik ist für mich immer noch seltsam: Konferenzbeiträge, die als reguläre Artikel gelten und keine Zeitschriften die gut indiziert zu durchsuchen sind, wie in den Lebenswissenschaften oder den anderen Naturwissenschaften. Das Denken von Konferenz zu Konferenz, eine Welt in ausschließlich Prototypen und nicht Produktionssoftware oder wissenschaftliche Ergebnisse, wie Naturwissenschaftler sie gewinnen,…

Besondere Zeiten sind dies. De facto findet die “International Supercomputing Conference” (ISC) in diesem Jahr ausschließlich online statt. Es ist DIE Konferenz im High Performace Computing (HPC)-Bereich in der unter anderem im halbjährlichen Wechsel mit ihrem amerikanischen Pendant die Liste der 500 schnellsten Supercomputer veröffentlicht wird. Eine Konferenz mit Messecharakter, vielen schaustellenden Firmen also. Aber…

Mit diesem Beitrag möchte ich meine kleine Serie vorläufig beenden. Lehre ist für manche an Hochschulen lästig, für mich aber gehört sie zur Wissenschaft dazu — ich finde sie spannend und so möchte ich auch in Zukunft immer wieder mal Aspekte der Hochschullehre allgemein und für HPC-Anwender im Speziellen zum Thema machen. Zur Sache Zugegeben:…

Im letzten Artikel habe ich beschrieben, dass die Ziele für unsere Kurse insbesondere unsere Ziele sind. Und auch die Inhalte sind unsere (zu einem nicht unwesentlichen Teil: meine) Inhalte. Das ist irgendwie unbefriedigend: Bliebe dies der status quo, muss das Rad ja immer wieder neu erfunden werden — und das in dem Wissen, dass es…

Wo wir schon mal beim Thema Lehre sind: Demnächst (direkt vor Ostern) gibt es bei uns in Mainz einen Kurs, der im jährlichen Wechsel mal in Mainz, mal in Frankfurt von Rolf Rabenseifner (vom HLRS in Stuttgart) durchgeführt wird. Wir wechseln uns bei der Ausrichtung mit unseren hessischen Kollegen ab. Inhaltlich geht es um die…

Wie angekündigt beginne ich eine kleine Serie über Lehre. In den bisherigen Beiträgen fiel bereits die Abkürzung HPC — für Hochleistungsrechnen bzw. High Performance Computing. Als Beispiel soll eine Einführungsveranstaltung zum HPC dienen. Dabei geht es um die Nutzung großer Cluster aus vielen Einzelcomputern, die zusammen mit einem leistungsfähigen Netzwerk und häufig großen Fileservern ein…

Bevor ich mich in die Weihnachtspause verabschiede, möchte ich gerne eine kleine Serie über Lehre, oder genauer über Lehre im Kontext von freiwilligen Kursen an Hochschulen ankündigen. Als Beispiel wird ein Einführungskurs zum Hochleistungsrechnen (HPC bzw. High Performance Computing) dienen. Manche didaktischen und organisatorischen Aspekte gelten generell. Vor allem aber ist dies die Perspektive über…