Vor einem Jahr habe ich an dieser Stelle einen Kurs zur Parallelprogrammierung beworben – und eine Weile danach drunter geschrieben, dass der Kurs abgesagt werden musste. In diesem Jahr wollen wir den Kurs als reinen Online-Kurs neu auflegen. Inhalt des Kurses ist die Anwendung von Techniken zur Parallelisierung wissenschaftlicher Programme. Entweder in dem einzelne Prozesse…

Dies ist ja der zweite “Ten simple rules”-Artikel, den ich kommentieren möchte. Geschrieben ist er von einer Gruppe von Leuten aus unterschiedlichen Orten geschrieben, die Eines eint: Sie arbeiten in Bioinformatik Service Projekten oder sogenannten “Core Facilities”. Und somit besteht ihre Tätigkeit – zumindest dem Titel – genau darin zu tun, worum es im Artikel…

Kurz nach Start des Blogs erschien in Nature der Aufruf zur “Ten Years Reproducibility Challenge”. Ich habe darüber berichtet und auch zugegeben, dass bei eigener Software nicht immer gut um die Frage nach der Lauffähigkeit nach langer Zeit bestellt ist. Inzwischen gibt es bereits einige Rückläufer in Form von Veröffentlichungen zu einer ausgewählten Software, die…

Da hat der fefe doch schön gelästert: Linux fährt jetzt “inclusive terminology”. Erstmal nur für neuen Code. Da werden aber bei den ganzen Sklaven der Neuzeit die Korken knallen! Endlich befreit sie mal jemand! Klar, übertriebene Political Correctness nützt niemandem – andererseits prägen Sprachgewohnheiten unser Denken und können verletzend sein. Doch abgesehen von solch prinzipiellen…

Zusammen mit Kollegen an anderen Einrichtungen bemerke ich immer wieder, dass nicht-IT-affine Universitätsarbeitsgruppen für bestimmte Projekte eine(n) BioinformatikerIn zu einer Masterarbeit oder Doktorat “anheuern”. Heraus kommt eine Software … Damit das hier ein konstruktiver Beitrag wird, brauchen wir ein Beispiel. Am besten ein schlechtes Beispiel, denn damit werden bestimmte Fehler augenfällig. Nehmen wir: Mich. Kleine…

Dieser Tage erreichte mich eine Mail – siehe Bild. So so, also die beliebtesten Artikel in “BMC Bioinformatics“. Nein, die Artikel, welche die meiste online-Aufmerksamkeit erregten. Das ist in der Tat etwas anderes. Was genau? Der Link zur Metric von Magic-Blast gibt Auskunft: Vielleicht bin ich ja ein zu alter Wissenschaftler, aber ich finde, liebe…

Besondere Zeiten sind dies. De facto findet die “International Supercomputing Conference” (ISC) in diesem Jahr ausschließlich online statt. Es ist DIE Konferenz im High Performace Computing (HPC)-Bereich in der unter anderem im halbjährlichen Wechsel mit ihrem amerikanischen Pendant die Liste der 500 schnellsten Supercomputer veröffentlicht wird. Eine Konferenz mit Messecharakter, vielen schaustellenden Firmen also. Aber…

Wo wir schon mal beim Thema Lehre sind: Demnächst (direkt vor Ostern) gibt es bei uns in Mainz einen Kurs, der im jährlichen Wechsel mal in Mainz, mal in Frankfurt von Rolf Rabenseifner (vom HLRS in Stuttgart) durchgeführt wird. Wir wechseln uns bei der Ausrichtung mit unseren hessischen Kollegen ab. Inhaltlich geht es um die…

Das CERN wirft also Microsoftprodukte über Bord. Diese Meldung kam bereits vor Weihnachten in die Presse, u. a. heise und der Standard schrieben darüber. Im vorweihnachtlichen Stress habe ich die Meldungen aber nicht wahrgenommen, finde ich aber bemerkenswert und so schreibe ich heute darüber. Ursache und Maßnahmen beim CERN Das CERN hat seine Hintergründe in…

Ui, die Leute von Nature lassen einfach — ohne mich zu fragen !!! — eine Reproducibilty Challenge erscheinen. Von Konrad Hinsen und Nicolas Rougier! Dabei wollte ich DAS Thema erst viel später auf meine Blog-Agenda setzen! Na ja, Spaß beiseite. Ich weiß nicht, wer von Euch Konrad Hinsen kennt. Er ist in der Python-Welt eine…