Die Probleme des Peer-Review hatten wir auch hier im Blog schon mal (Beispiel und Beispiel). Aber diese mir zugespielte Antwort eines Editors schießt den Vogel ab. Dieses Kommentar eines editorial office einer wissenschaftlichen Zeitschrift fordert: Please do return the similarity report of the revised manuscript together with re-submission. The author should check the similarity rate…

Wissenschaft ist großartig! Allein im letzten Jahr haben wir nicht nur den Ausbruch einer Pandemie erlebt, sondern auch die Entwicklung mehrerer Impfstoffe gegen das auslösende Virus! Und dabei haben eine ganze Reihe von Fragen im Vorfeld gelöst werden müssen: Der genetische Code musste entschlüsselt, die Quantenelektrodynamik erforscht, Restriktionsenzyme gefunden, Foto-Lithographie entwickelt, RNA-Synthese entwickelt und sehr…

Wir schreiben das Jahr 2021. Es ist peinlich über diese Dinge schreiben zu müssen: Dieser Blogbeitrag ersetzt keine Vorlesung. Er beschreibt nur wenige der wirklich wichtigen Aspekte wissenschaftlicher Software – und hat nicht einmal den Anspruch auf Vollständigkeit. Allerdings …. wie mein letzter Beitrag in dieser Reihe gezeigt hat, gibt es bei Veröffentlichungen in der…

Elisabeth Bik, Arturo Casadevall und Ferric Fang haben vor vier Jahren schon ein virtuelles Screening vieler Veröffentlichungen im Bereich biomedizinischer Forschung unternommen[Bik et al., 2016]. Über 20.000 Veröffentlichungen wurden in Augenschein genommen und daraufhin untersucht ob es in den Artikeln duplizierte Abbildungen oder Teile von Abbildungen gab. Gesucht wurde nur nach dem Begriff “Western blot”,…

Vor einer Weile habe ich ja bereits auf dem Journal BMC Bioinformatics herumgehackt. Jetzt wollte ich es genauer wissen und habe gleich drei Journals unter die Lupe genommen: Bioinformatics PLOS Compuational Biology und zum Vergleich nochmals BMC Bioinformatics Eigentlich wollte ich mal einen wirklich systematischen Vergleich erreichen, vielleicht auch im Rahmen einer studentischen Arbeit –…

Dieser Artikel kommt aus der Schublade der vergessenen Artikel – eigentlich sollte er Anfang Dezember letzten Jahres das Licht der Blogwelt erblicken. Denn die Neuigkeit, dass die Einstein Stiftung einen Preis “Einstein Foundation Award for Promoting Quality in Research” auslobt, ging schließlich bereits im letzten Jahr durch die Presse. Aber Isaac Newtons Geburtstag ist ja…

Wo ist der Zusammenhang zwischen der Reproduzierbarkeitskrise in den Laborwissenschaften, dem Klimawandel und Verschwörungstheoretikern aus dem universitären Umfeld? Ein paar Gedanken … Kits & Computer = “Klimafrevel” durch Ignoranz? Mindestens die Hälfte aller bedeutenden biochemischen Publikationen sind nicht gut reproduzierbar, andere Schätzungen nennen eher zwei Drittel[Begley & Ellis, 2012; Prinz et al. 2011]. Das bedeutet…

Arbeitsgruppen lernen nicht. Einzelne Mitglieder vielleicht, aber Arbeitsgruppen haben Arbeitsweisen von denen sie sich schwer, wenn überhaupt, abbringen lassen. Das ist mein Résumé aus bislang 7 Jahren als universitärer Berater für wissenschaftliches Rechnen in den Lebenswissenschaften. Das ist zwar “nur” eine persönliche Erfahrung, aber wer Kuhn gelesen hat (also den Kuhn, nicht den Kuhn), den…

Kurz nach Start des Blogs erschien in Nature der Aufruf zur “Ten Years Reproducibility Challenge”. Ich habe darüber berichtet und auch zugegeben, dass bei eigener Software nicht immer gut um die Frage nach der Lauffähigkeit nach langer Zeit bestellt ist. Inzwischen gibt es bereits einige Rückläufer in Form von Veröffentlichungen zu einer ausgewählten Software, die…

Wenn ich mir Eines für den Nachgang zur SARS-CoV-2-Epedemie wünsche, ist es eine saubere epidemiologische Aufarbeitung. So eine mit allen Details. Mit nachvollziehbaren protokollierten Daten, an die man selber auch Fragen stellen kann. Grenzüberschreitend, damit auch vergleichende Detailanalysen möglich sind. Ab dem heutigen Tage habe ich so meine Zweifel, ob das möglich sein wird. Britische…