Der erste Versuch war nur halb erfolgreich: Von zwei Stellen wurde eine besetzt. Es geht immer noch um die Anwenderunterstützung in der Biologie für angewandte Bioinformatik. Alles von der Workflowentwicklung bis zum Datenmanagement. Auch nicht genomorientierte Aspekte werden eine Rolle spielen. Hier geht es zur Ausschreibung. Wie beim letzten Mal: Solltet ihr jemanden kennen, den…

Coronaregeln welken dahin, Kuschelverbote vergehen, aber die Acrylglasschirme vor den Kassen, die bleiben bestehen. Während unsere Welt eine langsame Normalisierung erfährt, wehren sich die Plexiglashüstelabschirmungen widerborstig gegen ihre Abschaffung. “So ein Schirm passt nicht zum Umgang mit meinen Kunden”, sagt ein Geschäftsinhaber, während er den Schirm entfernte. Doch in zahllosen Supermärkten, Geschäften und hinter Tresen…

Endlich geht es in der der kleinen Serie (1. Teil, 2. Teil) zu schauen, was zu wirklich nachhaltiger Data Science und damit auch Bioinformatik gehört – und warum das so ist. Zunächst aber: Was haben wir vor Augen haben, wenn wir wissenschaftliche Nachhaltigkeit so richtig weit fassen? Wir können Ziele einer idealen Datenanalyse und alles…

Pipeline oder nicht Pipeline? Im ersten Teil ging es darum zu charakterisieren was eine Pipeline in der Bioinformatik ist. Hoffentlich wurde klar, dass die Weise wie manche Datenanlyse Pipeline umgesetzt wird, extrem verschwenderisch sein kann. Wer erst einmal soweit ist zu erkennen, dass eine gegebene Pipeline heterogene Ressourcenanforderungen hat und das dies ernsthafte Performanceprobleme birgt,…

Was eine Pipeline ist, weiß jeder … In der Bioinformatik ist mit einer Pipeline die Folge von Programmen gemeint, die eine bestimmte Analyse mit mehreren Schritten ermöglichen. Hierbei kann die Pipeline, ganz analog einer “echten” auch verzweigt sein. Sprich: Pipelines entsprechen in Ihrer Abfolge von aufgerufenen Programmen stets gerichteten azyklischen Graphen — in der Regel…