Endlich geht es in der der kleinen Serie (1. Teil, 2. Teil) zu schauen, was zu wirklich nachhaltiger Data Science und damit auch Bioinformatik gehört – und warum das so ist. Zunächst aber: Was haben wir vor Augen haben, wenn wir wissenschaftliche Nachhaltigkeit so richtig weit fassen? Wir können Ziele einer idealen Datenanalyse und alles…

Pipeline oder nicht Pipeline? Im ersten Teil ging es darum zu charakterisieren was eine Pipeline in der Bioinformatik ist. Hoffentlich wurde klar, dass die Weise wie manche Datenanlyse Pipeline umgesetzt wird, extrem verschwenderisch sein kann. Wer erst einmal soweit ist zu erkennen, dass eine gegebene Pipeline heterogene Ressourcenanforderungen hat und das dies ernsthafte Performanceprobleme birgt,…

Was eine Pipeline ist, weiß jeder … In der Bioinformatik ist mit einer Pipeline die Folge von Programmen gemeint, die eine bestimmte Analyse mit mehreren Schritten ermöglichen. Hierbei kann die Pipeline, ganz analog einer “echten” auch verzweigt sein. Sprich: Pipelines entsprechen in Ihrer Abfolge von aufgerufenen Programmen stets gerichteten azyklischen Graphen — in der Regel…

Wissenschaft ohne Internet ist kaum mehr denkbar – egal um welche Disziplin es geht. Dafür wurde es auch (u.a.) erfunden: Literaturdatenbanken, Sequenzdatenbanken, Genomdatenbanken, Ligandendatenbanken, sie alle nur Beispiele aus der Bio- bzw. Cheminformatik und sie sind selbstverständlich über einen Browser zugänglich. Gut gepflegte Datenbanken kennen und nutzen de facto alle BioinformatikerInnen, gleichgültig ob AnwenderIn oder…

Die Suche nach neuen Wirkstoffen gegen Krankheiten ist eine langwierige, mühsame und teure Angelegenheit. Innovationen gibt es, aber längst nicht in so schneller Folge wie noch vor einigen Jahrzehnten – jedenfalls wenn die moderne Biotechnologie außer Acht gelassen wird und man den Blick auf Wirkstoffe im Sinne einzelner chemischer Moleküle lenkt. Zur Findung neuer Wirkstoffmoleküle…

Ihr ahnt nicht, was es so gibt in der schönen Welt des wissenschaftlichen Rechnens. Viele Programmierer werfen ihren Nutzern einfach so ihre Software vor die Füsse und kümmern sich danach einfach nicht mehr darum. Schließlich funktioniert die fragliche Software ja. Und wer nachfragt, wie man diese ☠@✴#-Software ans Laufen bekommt mitunter zurück: “Bei mir funktioniert…

Wie ich schon vor ein paar Tagen schrieb: Ich unterrichte WissenschaftlerInnen aus nicht-IT-affinen Wissenschaften in Programmierung mit C++ und Python (und shell-Programmierung, etc.). Und das macht Spaß, ich hoffe sehr darauf, dass ich im Spätsommer oder Herbst die Kurse wieder in einem Kursraum mit lauter motivierten TeilnehmerInnen halten kann. Es wird eine große Erleichterung sein,…

Wissenschaft ist großartig! Allein im letzten Jahr haben wir nicht nur den Ausbruch einer Pandemie erlebt, sondern auch die Entwicklung mehrerer Impfstoffe gegen das auslösende Virus! Und dabei haben eine ganze Reihe von Fragen im Vorfeld gelöst werden müssen: Der genetische Code musste entschlüsselt, die Quantenelektrodynamik erforscht, Restriktionsenzyme gefunden, Foto-Lithographie entwickelt, RNA-Synthese entwickelt und sehr…

Vor einer Weile habe ich ja bereits auf dem Journal BMC Bioinformatics herumgehackt. Jetzt wollte ich es genauer wissen und habe gleich drei Journals unter die Lupe genommen: Bioinformatics PLOS Compuational Biology und zum Vergleich nochmals BMC Bioinformatics Eigentlich wollte ich mal einen wirklich systematischen Vergleich erreichen, vielleicht auch im Rahmen einer studentischen Arbeit –…

Dies ist ja der zweite “Ten simple rules”-Artikel, den ich kommentieren möchte. Geschrieben ist er von einer Gruppe von Leuten aus unterschiedlichen Orten geschrieben, die Eines eint: Sie arbeiten in Bioinformatik Service Projekten oder sogenannten “Core Facilities”. Und somit besteht ihre Tätigkeit – zumindest dem Titel – genau darin zu tun, worum es im Artikel…