Die IT-affinen unter Euch wissen, was git ist. Für alle Anderen gaanz kurz: Es ist ein Versionsverwaltungssystem, mit dem Änderungen in Texten nachvollzogen werden könne. Man kann einen alten Zustand eines oder mehrerer Text wiederherstellen. Man kann einen Zustand “einfrieren” und als Version herausgeben (zu “versionieren“)- so kann man sich auch später wieder auf diese…
Zusammen mit Kollegen an anderen Einrichtungen bemerke ich immer wieder, dass nicht-IT-affine Universitätsarbeitsgruppen für bestimmte Projekte eine(n) BioinformatikerIn zu einer Masterarbeit oder Doktorat “anheuern”. Heraus kommt eine Software … Damit das hier ein konstruktiver Beitrag wird, brauchen wir ein Beispiel. Am besten ein schlechtes Beispiel, denn damit werden bestimmte Fehler augenfällig. Nehmen wir: Mich. Kleine…
Dieser Tage erreichte mich eine Mail – siehe Bild. So so, also die beliebtesten Artikel in “BMC Bioinformatics“. Nein, die Artikel, welche die meiste online-Aufmerksamkeit erregten. Das ist in der Tat etwas anderes. Was genau? Der Link zur Metric von Magic-Blast gibt Auskunft: Vielleicht bin ich ja ein zu alter Wissenschaftler, aber ich finde, liebe…
Die eiserne Regel in der Statistik (und eigentlich jeglicher experimenteller Wissenschaft): Erst planen, dann erheben, dann auswerten. Alles Andere führt zu einer langen Kette von Problemen, die man Studierenden von Naturwissenschaften seit langer Zeit in Grundpraktika vermittelt. Diese Überlegung steht auch hinter der Einrichtung statistischer “Stabs”-Institute an Universitätskliniken gibt (die auch eigene Forschung machen!), denn…
Besondere Zeiten sind dies. De facto findet die “International Supercomputing Conference” (ISC) in diesem Jahr ausschließlich online statt. Es ist DIE Konferenz im High Performace Computing (HPC)-Bereich in der unter anderem im halbjährlichen Wechsel mit ihrem amerikanischen Pendant die Liste der 500 schnellsten Supercomputer veröffentlicht wird. Eine Konferenz mit Messecharakter, vielen schaustellenden Firmen also. Aber…
Gerade lernen wir, dass Covid-19 wohl auch erhebliche Folgeschäden provozieren kann. Beispielsweise kann das SARS-CoV-2-Virus die Nieren stark schädigen [Puelles et al., 2020], mögliche Lähmungen des Atemsystems verursachen und macht vor der Psyche nicht halt[Rogers et al., 2020]. Vor allem aber kann es auch starke Schädigungen der Lungen geben[Ye et al., 2020] – was wir…
Wer könnte meinen “schlechte Werkzeuge (in der Bioinformatik)”-Rant besser fortsetzen als Randall Munroe mit dem aktuellen xkcd-Comic? Nein, keine Angst: Sooo läuft Bioinformatik tatsächlich nicht ab. Das Comic übertreibt vollkommen. Und doch … Anwendung von allgemeinen Programmen, die nie für die Aufgabe gedacht waren, für die sie verwendet werden? Das kommt schon vor und wird…
Selbstverständlich werde ich nicht über die Wahl schlechter Werkzeuge, die mir beruflich begegnet im Detail schreiben: Vertraulichkeit von Anfragen ist selbstverständlich. Überhaupt: Wir sind alle mal angefangen und — Hand auf Herz — da hat die Eine oder der Andere auch schon mal eine Frage auf DAU-Niveau (oder nahe dran) gestellt. Das hier zu bloggen…
bwa[Li and Durbin, 2009; Li and Durbin, 2010] ist ein weit verbreitetes Mapping-Programm für kurze sog. reads des next-generation-sequencing (NGS). Bei den reads, für die man bwa nutzt, handelt es sich üblicherweise um DNA-Abschnitte von 50 bis 300 bp Länge. Und mit Mapping bezeichnet man den Prozess bei dem diese reads einem oder mehreren Orten…
Zur Zeit versuche ich zu erheben, welche Qualität in der Bioinformatik publizierte Software tatsächlich hat. Rein subjektiv hat sich in den letzten 10 Jahren wenig verändert. Das ich meine Zweifel habe, ob die Qualität gut ist, dürfte Euch schon aufgefallen sein (ich denke nicht, dass alles schlecht ist!). Andere haben prinzipielle Bedenken, in Hinblick auf…
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