Container sind in der Welt der IT keine neue Mode. Und so ist es vielleicht nicht verwunderlich, dass ich vor ein paar Wochen einen atemlosen Anruf eines freundlichen Professors erhielt, der mir mitteilte, wir (also meine Institution) bräuchten dringend eine Cloud mit einem bestimmten containerbasierten Workflowsystem. Anders sei reproduzierbare Bioinformatik heutzutage nicht mehr darstellbar! Und…
Vor ein paar Tagen war ich schlaflos, griff ins Regal und fand das schöne Buch “Die Logik des Misslingens” (kommerzieller Link) des Psychologen Dietrich Dörner. Ein schönes Buch, auch wenn schon etwas älter. Und bei einem Kapitel fiel es mir wie Schuppen von den Augen … Warum haben Aliens menschliches Antlitz? Dörner wundert sich, warum…
Ihr ahnt nicht, was es so gibt in der schönen Welt des wissenschaftlichen Rechnens. Viele Programmierer werfen ihren Nutzern einfach so ihre Software vor die Füsse und kümmern sich danach einfach nicht mehr darum. Schließlich funktioniert die fragliche Software ja. Und wer nachfragt, wie man diese ☠@✴#-Software ans Laufen bekommt mitunter zurück: “Bei mir funktioniert…
Wie ich schon vor ein paar Tagen schrieb: Ich unterrichte WissenschaftlerInnen aus nicht-IT-affinen Wissenschaften in Programmierung mit C++ und Python (und shell-Programmierung, etc.). Und das macht Spaß, ich hoffe sehr darauf, dass ich im Spätsommer oder Herbst die Kurse wieder in einem Kursraum mit lauter motivierten TeilnehmerInnen halten kann. Es wird eine große Erleichterung sein,…
Wenn das so weitergeht, werde ich in diesem Sommer keine Sandalen ohne Socken tragen können: Bei jeder Installation unsinniger und übelst zusammen gestückelter Software (Teil meines Jobs), kräuseln sich meine Fußnägel. Irgendwann wird es zu viel sein. Bei dieser Arbeit mache ich mir manchmal schon Gedanken, wie viel Energie als Resultat der Anwendung solcher Software…
Vor einem Jahr habe ich an dieser Stelle einen Kurs zur Parallelprogrammierung beworben – und eine Weile danach drunter geschrieben, dass der Kurs abgesagt werden musste. In diesem Jahr wollen wir den Kurs als reinen Online-Kurs neu auflegen. Inhalt des Kurses ist die Anwendung von Techniken zur Parallelisierung wissenschaftlicher Programme. Entweder in dem einzelne Prozesse…
Dies ist ja der zweite “Ten simple rules”-Artikel, den ich kommentieren möchte. Geschrieben ist er von einer Gruppe von Leuten aus unterschiedlichen Orten geschrieben, die Eines eint: Sie arbeiten in Bioinformatik Service Projekten oder sogenannten “Core Facilities”. Und somit besteht ihre Tätigkeit – zumindest dem Titel – genau darin zu tun, worum es im Artikel…
Kurz nach Start des Blogs erschien in Nature der Aufruf zur “Ten Years Reproducibility Challenge”. Ich habe darüber berichtet und auch zugegeben, dass bei eigener Software nicht immer gut um die Frage nach der Lauffähigkeit nach langer Zeit bestellt ist. Inzwischen gibt es bereits einige Rückläufer in Form von Veröffentlichungen zu einer ausgewählten Software, die…
Da hat der fefe doch schön gelästert: Linux fährt jetzt “inclusive terminology”. Erstmal nur für neuen Code. Da werden aber bei den ganzen Sklaven der Neuzeit die Korken knallen! Endlich befreit sie mal jemand! Klar, übertriebene Political Correctness nützt niemandem – andererseits prägen Sprachgewohnheiten unser Denken und können verletzend sein. Doch abgesehen von solch prinzipiellen…
Zusammen mit Kollegen an anderen Einrichtungen bemerke ich immer wieder, dass nicht-IT-affine Universitätsarbeitsgruppen für bestimmte Projekte eine(n) BioinformatikerIn zu einer Masterarbeit oder Doktorat “anheuern”. Heraus kommt eine Software … Damit das hier ein konstruktiver Beitrag wird, brauchen wir ein Beispiel. Am besten ein schlechtes Beispiel, denn damit werden bestimmte Fehler augenfällig. Nehmen wir: Mich. Kleine…
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