UAP – die “Universal Analysis Pipeline” wurde bereits im letzten Jahr als “Pipeline”-Lösung für Bioinformatik-workflows publiziert[Kämpf et al., 2019]. Für diesen Artikel ist wichtig zu verstehen, dass genomorientierte Bioinformatik (wie auch nahezu alle komplexe Datenanalytik) nahezu jederzeit bedeutet eine Analyse in eine Vielzahl von Schritten (z. B. – Achtung starke Vereinfachung – Qualitätsbestimmung, Qualitätskontrolle, Mapping,…
Die IT-affinen unter Euch wissen, was git ist. Für alle Anderen gaanz kurz: Es ist ein Versionsverwaltungssystem, mit dem Änderungen in Texten nachvollzogen werden könne. Man kann einen alten Zustand eines oder mehrerer Text wiederherstellen. Man kann einen Zustand “einfrieren” und als Version herausgeben (zu “versionieren“)- so kann man sich auch später wieder auf diese…
Mit der Ankündigung von Jürgen Schönstein zum “Verlagsblog” musste meine Neugierde befriedigt werden: Wie hat sich die Bloglandschaft auf scienceblogs.de mit der Zeit entwickelt? Ich habe also die Blogposts der letzten Jahre gezählt (per Script) und geplottet (siehe Titelbild). Was man hier sieht ist die Zahl der Blogposts pro Monat ab dem Februar 2007 bis…
Eigentlich möchte ich zu Herrn Bhakdi nicht mehr viel schreiben und im August habe ich noch wenig Zeit zum Bloggen. Doch Herr Bhakdi hat ein Buch herausgebracht und Der Standard aus Österreich schreibt darüber. Und das führte gestern wieder zu vielen Klicks auf einen fix geschriebenen Beitrag mittelmässiger Qualität von mir. (Dabei bilde ich mir…
Nach ausgedehnter Sommerpause melde ich mich blogmässig wieder (auch wenn es noch dauern wird, bevor etwas wissenschaftlicher zu Sache geht): Mit einigen Beobachtungen bei der Reise durchs eigene Land. Auslandsurlaub, wie ich ihn mag (mit vielen Stationen und Gesprächen), war in diesem Jahr für mich nicht drin. Während der Reise: in einer kleinen Bächereifiliale mit…
Da hat der fefe doch schön gelästert: Linux fährt jetzt “inclusive terminology”. Erstmal nur für neuen Code. Da werden aber bei den ganzen Sklaven der Neuzeit die Korken knallen! Endlich befreit sie mal jemand! Klar, übertriebene Political Correctness nützt niemandem – andererseits prägen Sprachgewohnheiten unser Denken und können verletzend sein. Doch abgesehen von solch prinzipiellen…
Eigentlich wollte ich nichts mehr über Herrn Bhakdi schreiben. Es ist genug gesagt worden, von mir (1, 2, 3, 4) und anderen. Doch Herr Bhakdi vlogt munter weiter. Das ist ihm fraglos zu gönnen, es ist nur, dass mein erster Artikel zu ihm immer noch viele Leser lockt. Und vielleicht schauen wir uns mal das…
Zusammen mit Kollegen an anderen Einrichtungen bemerke ich immer wieder, dass nicht-IT-affine Universitätsarbeitsgruppen für bestimmte Projekte eine(n) BioinformatikerIn zu einer Masterarbeit oder Doktorat “anheuern”. Heraus kommt eine Software … Damit das hier ein konstruktiver Beitrag wird, brauchen wir ein Beispiel. Am besten ein schlechtes Beispiel, denn damit werden bestimmte Fehler augenfällig. Nehmen wir: Mich. Kleine…
Dieser Tage erreichte mich eine Mail – siehe Bild. So so, also die beliebtesten Artikel in “BMC Bioinformatics“. Nein, die Artikel, welche die meiste online-Aufmerksamkeit erregten. Das ist in der Tat etwas anderes. Was genau? Der Link zur Metric von Magic-Blast gibt Auskunft: Vielleicht bin ich ja ein zu alter Wissenschaftler, aber ich finde, liebe…
Die eiserne Regel in der Statistik (und eigentlich jeglicher experimenteller Wissenschaft): Erst planen, dann erheben, dann auswerten. Alles Andere führt zu einer langen Kette von Problemen, die man Studierenden von Naturwissenschaften seit langer Zeit in Grundpraktika vermittelt. Diese Überlegung steht auch hinter der Einrichtung statistischer “Stabs”-Institute an Universitätskliniken gibt (die auch eigene Forschung machen!), denn…
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