Endlich geht es in der der kleinen Serie (1. Teil, 2. Teil) zu schauen, was zu wirklich nachhaltiger Data Science und damit auch Bioinformatik gehört – und warum das so ist. Zunächst aber: Was haben wir vor Augen haben, wenn wir wissenschaftliche Nachhaltigkeit so richtig weit fassen? Wir können Ziele einer idealen Datenanalyse und alles…
Pipeline oder nicht Pipeline? Im ersten Teil ging es darum zu charakterisieren was eine Pipeline in der Bioinformatik ist. Hoffentlich wurde klar, dass die Weise wie manche Datenanlyse Pipeline umgesetzt wird, extrem verschwenderisch sein kann. Wer erst einmal soweit ist zu erkennen, dass eine gegebene Pipeline heterogene Ressourcenanforderungen hat und das dies ernsthafte Performanceprobleme birgt,…
Was eine Pipeline ist, weiß jeder … In der Bioinformatik ist mit einer Pipeline die Folge von Programmen gemeint, die eine bestimmte Analyse mit mehreren Schritten ermöglichen. Hierbei kann die Pipeline, ganz analog einer “echten” auch verzweigt sein. Sprich: Pipelines entsprechen in Ihrer Abfolge von aufgerufenen Programmen stets gerichteten azyklischen Graphen — in der Regel…
Merkel leaves behind a powerful legacy for research and for evidence-based thinking. Over the years, her administration has strengthened and internationalized German science. So heißt es im Nature Editorial vom 15. September 2021. Der Kommentar ist nicht ganz unkritisch, doch singt er insgesamt das hohe Lied zu Frau Merkel, die als Wissenschaftlerin einen besonderen Politikstil…
So einmal im Jahr, erlaube ich mir einen Blick zurück aufs Bloggeschehen und und die Entwicklung von Scienceblogs zu werfen. Im letzten Jahr habe ich ja bereits die Graphik der Blogposts pro Monat eingeführt. Die diesjährige Version der Graphik zeigt die Evaluation der Blogposts bis zum August 2021 und wieder für jeden Blog mit einer…
Vor ein paar Wochen hatte das Linux-Magazin ein paar Artikel unter dem Überthema “Public FOSS” (FOSS = Free and Open Source Software). Software also, die der öffentlichen Hand als Alternative zu proprietären und teuren Produkten dienen kann. Und was soll ich sagen? Der Markt bietet so Einiges, was die Kämmerer erfreuen könnte: kostenfreie Office-Software kostenfreie…
Die Luca-App ist nicht nur teuer, übereilt eingekauft und mies geplant, sondern auch nutzlos. Das ist jetzt “amtlich“: Damit die Luca-App überhaupt funktioniert wie versprochen, müssen die Anwender einwilligen, dass ihre Kontakthistorie freigegeben und an die Gesundheitsämter übermittelt wird. Das ist – oh Wunder – wohl nicht häufig der Fall und so kommen die Daten…
Der Fachbereich Biologie der Universität Mainz schreibt zwei Stellen für die Bioinformatik aus. Es handelt sich hierbei um Stellen zur Unterstützung im Fachbereich, gewissermaßen die Keimzelle einer bioinformatischen Core Facility. Der Alltag wird sehr abwechslungsreich sein und darin bestehen technischen Support zu leisen, HPC-kompatible Workflows mit zu entwickeln und Vieles mehr. Vor allem gilt es…
Wissenschaftskommunikation – was soll, was kann sie leisten? Darüber wurde schon viel geschrieben, trocken und abstrakt oder humorvoll und weitsichtig. Klimakrise und Pandemie zeigen einmal mehr, dass sich Missverständnisse häufen und Aufklärung Not tut: Dies ist im Sinne der Wissenschaftstreibenden, denn sie mögen keine Anfeindungen und im Sinne der Gesellschaft, denn eine aufgeklärte Bürgerschaft ist…
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