Serienübersicht

• Die “ewige” Serie über Software in der Bioinformatik
• Lehre für HPC-Anwender
• Scharlatane, Obskuranten und andere Schräge Gestalten sollten es eigentlich nicht in dieses Blog schaffen – es kam anders, also sind die Beiträge hier auch gelistet
• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (mit Fokus auf Bioinformatik) und was man dagegen tun kann
• Wider die Reproduzierbarkeitskrise in Bioinformatik und anderswo – der konstruktive Part
• Wissenschaft konkret
• Wissenschaft und Wissenschaftspolitik allgemein

Lehre allgemein

Lehre für HPC-Anwender

• Warum ich (gerne) lehre – 21. Dezember 2019, der Miniserie vorausgeschickt
• Lehre für HPC-Anwender (1) – Wieso? Weshalb? Warum? – 13. Januar 2020, Einführung in die Serie
• Lehre für HPC-Anwender (2) – warum sie manchmal schiefgehen muss – 25. Januar 2020
• Lehre für HPC-Anwender (3) – Beitrag des HPC Certification Forum – 29. Januar 2020, über das HPC Certfication Forum, was sonst?
• Lehre für HPC-Anwender (4) – Dokumentation für Anwender – 6. Februar 2020, über das Schreiben von Dokumentation für HPC Cluster
• HPC – Certification Forum – Auf dem Weg zu zertifizierten HPC-Nutzern – 22. Juni 2020, Über eine Veröffentlichung im Rahmen des HPCCF

Bioinformatik

Software in der Bioinformatik

• Interpretierte vs. Compilierte Sprachen in wissenschaftlicher Software (Bioinformatik) – vom 5. November 2019, eine Zustandsbetrachtung zum Programmiersprachenwahl in der Bioinformatik; noch bevor es die eigentliche Serie gab

• BWA lebt weiter – 2. Januar 2020, Abgesang und Ausblick auf eines der beliebtesten Mapping-Programme

• Teil 1 – PRAP – vom 7. Februar 2020 – ein Artikel über eine Software PRAP (Pan Resistome analysis pipeline)

• Teil 2 – p-Hacking war gestern (ein kleines KI-Bashing) – vom 23. Juni 2020

• Teil 3 — Die “beliebtesten Artikel” in BMC-Bioinformatics – vom 30. Juni 2020 – der Artikel formuliert die Frage nach der Qualität in besagtem Journal

• Teil 4 — Warum BioinformatikerInnen vor einer Arbeit in nicht-IT Arbeitsgruppen sehr vorsichtig sein sollten – vom 4. Juli 2020

• Teil 5  — Software in der Bioinformatik (5) – UAP – vom 4. September 2020, über ein Workflowmanagementsystem

• Es folgte eine Miniserie über Pipelines vs. Workflowsysteme – Teil1 (6. Oktober 2021), Teil2 (7. Oktober 2021), Teil 3 (8. Oktober 2021) – und warum man

Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise

Ich hätte nie gedacht, dass es mal so viel Neues zu dem Thema geben würde …

• Ten Years Reproducibility Challenge – vom 30. Oktober 2019, noch bevor Reproduzierbarkeit zu einem Fokus wurde, ein Artikel zu einer Nature-Challenge zur Klärung der Reproduzierbarkeit von Ergebnissen mit alter wissenschaftlicher Software

• Angefangen hat diese Serie mit ein paar Beiträgen, die – ungeplant – zum Thema Tabellenkalkulationsprogramme geschrieben wurden.  Eigentlich sollte viel mehr zu anderen Themen geschrieben werden – und letztlich hat sich der Titel geändert:
  • Warum man seine Werkzeuge gut wählen sollte … (1) – vom 13. November 2019 – über das Für und Wider von Tabellenkalkulationsprogrammen in der Wissenschaft

  • Warum man seine Werkzeuge gut wählen sollte … (1) — Ein Nachtrags-Video – vom 29. Januar 2020; ein fantastisches Video zu den Möglichkeiten von Tabellenkalkulationsprogrammen, dass diese auch ein bisschen ad absurdum führt

  • Warum man seine Werkzeuge gut wählen sollte (2) – vom 27. April 2020, ein Kommentar zu einem xkcd-Comic

Dann aber fing ich an, durchzunummerieren:

• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (1) – Der Einfluss von Excel auf die Bioinformatik – vom 2. September 2020

• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (2) – Nicht zu jedem Topf passt ein Deckel: Über die Schwierigkeit gute Reviewer zu finden – vom 9. September 2020
• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (3) – Fehlende Daten?!!! – vom 11. September 2020
• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (4) – HARKing – vom 14. September 2020
• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (5) – alternde Software – vom 21. Oktober 2020
• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (6) – fehlende Planung – vom 31. Oktober 2020
• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (7) — idiotisch-faule Editoren – vom 2. März 2021
• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (8) – Der Trend zum Jupyter-Notebook – vom 13. Mai 2021
• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (9) – runs-on-my-system Software und schwer installierbare Software – vom 9. Juni 2021
• Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (10) – Noch einmal EXCEL in der Bioinformatik – und noch ein Artikel über die-besser-nicht-Verwendung von EXCEL in der Wissenschaft – vom 12. Februar 2022

Wider die Reproduzierbarkeitskrise in der Bioinformatik (und anderswo)

In dieser Rubrik schreibe ich gelegentlich gegen den größten Unfug in der Bioinformatik an, aber immer im Versuch auch konstruktiv zu sein:

Scharlatane, Obskuranten und andere schräge Gestalten

• Schuster bleib bei Deinen Leisten: Kommentar zu Prof. Bhakdis Einlassungen – vom 23. März 2020, ein Artikel, den ich nicht schreiben wollte, aber innerlich musste. Ein mir bekannter emeritierter Professor lässt sich zu “Corona” ein und ich habe mit heißer Nadel einen Artikel gestrickt. Meistgelesener Beitrag in diesem Blog – hätte aber besser sein sollen.

• Die “Unstatistiker” zu Corona – vom 29. März 2020, eine Mischung aus Lesetipp und den Grenzen von Statistik

• Die Bhakdische Videoreihe – Versuch einer letztmaligen Replik … – vom 5. Juli 2020

• Bhakdi und kein Ende (diesmal ein Buch) – 23. August 2020

• Eine Videoantwort zum Reiss-Bhakdischen Vortrag – 16. September 2020

• Das goldene Brett 2020 ging an … – vom 15. Dezember 2020 über die Verleihung des Negativpreises an Suharit Bhakdi

• Impfmythen – 21. Dezember 2020
• Der Flyer des MWGFD zum Kliniksterben – von der Fehlinterpretation zur bewussten Lüge – vom 27. März 2021, frustrierend, aber die Coronaleugner rund um Herrn Bhakdi gaben keine Ruhe

• Und ewig grüßt das Murmeltier … Der “Es gibt kein Isolat mit ‘Gensubstanz’!”-Gambit der Coronaleugner mit Geldgewinngarantie – über die Bestrebungen Herrn Eckerts Wissenschaftler zu diffamieren und dabei Geld zu verdienen vom 1. April 2021

• Nur ein Ärgernis? – Blender in Wissenschaft! – vom 31. Mai 2021 – hätte ebenso gut als Zutat zur Reproduzierbarkeitskrise gewertet werden können
• Wenn Coronaleugner Wissenschaft machen – vom 18. Februar 2022 – und warum das keine gute Diskussionsgrundlage ist

Wissenschaft konkret

• “Corona” – Die Jagd auf antivirale Wirkstoffe – 28. Mai 2020

• Über RNA-Impfstoffe – 1. Juni 2020, geschrieben um den Unsinn in den sozialen Netzwerken wenigstens etwas entgegenzusetzen

• Lesetipps – Impfstoffe zu SARS-CoV-2 und ein Überblick zu den Entwicklungen bei Testverfahren – vom 20. Oktober 2020, gute, erklärende Erläuterungen zu diesen Themen

• Von der Auflösungsrevolution in der Elektronenmikroskopie zur Entwicklung antiviraler Wirkstoffe – vom 7. Dezember 2020

Wissenschaft allgemein

• Gutes Geld für schlechte Software? – vom 30. Oktober 2019, behandelt das Missverhältnis aus Förderung für neue wissenschaftliche Software gegenüber produktiv geeigneter wissenschaftlicher Software. Mit einem Nachtrag vom 30. Dezember 2020.

• Das CERN wirft Microsoft raus – und was folgt daraus? – vom 2. Januar 2020, über Freeware und OpenSource bei akademischen Einrichtungen am Beispiel der Entwicklung beim CERN

• Jammern die nur? – vom 16. Februar 2020, über die (Un-)Zufriedenheit von wissenschaftlich Beschäftigten

• Der Surgisphere-Skandal – Folgen in der Wissenschaft? – vom 7. Juni 2020

• Kommentar zu “Ten simple rules for providing effective bioinformatics research support” – ein Kommentar zum entsprechenden Artikel in PLOS Computational Biology vom 23. November 2020

• Reproduzierbarkeitskrise – Eine Einschätzung aus der biomedizinischen Grundlagenforschung – vom 8. Januar 2021

• Gegen Missstände in der Wissenschaft anschreiben – warum und wieso das wichtig ist vom 1. März 2021